| 副溶血性弧菌全基因组DNA芯片的研制和质量评价 |
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| 引用本文： | 韩海红,曾小涛,殷胜骏,杨瑞馥,刘秀梅,周冬生.副溶血性弧菌全基因组DNA芯片的研制和质量评价[J].微生物学报,2010,50(4). |
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| 作者姓名： | 韩海红 曾小涛 殷胜骏 杨瑞馥 刘秀梅 周冬生 |
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| 作者单位： | 1. 中国疾病预防控制中心营养与食品安全所,北京,100021
2. 军事医学科学院微生物流行病研究所,北京,100071 |
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| 基金项目： | “十一五”国家科技支撑计划(2006BAK02A15); 国家自然科学基金(30871370); 国家科技重大专项(2008ZX10004-103)~~ |
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| 摘 要： | 【目的】研制副溶血性弧菌全基因组芯片,建立芯片杂交方法,并对芯片质量进行评价。【方法】利用副溶血性弧菌全基因组序列,挑选出4770条基因,PCR扩增各基因并将PCR产物纯化,点样制备芯片;设计了两个质控杂交组合,采用双色荧光杂交策略,对芯片质量进行评价;PCR方法验证部分芯片结果。【结果】芯片杂交与理论预期结果以及PCR验证结果完全一致。【结论】成功的研制了一批质量良好的副溶血性弧菌全基因组DNA芯片,并建立了基于DNA芯片的副溶血性弧菌比较基因组学技术平台,建立了一套系统的芯片数据分析的标准方法。
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| 关 键 词： | 副溶血性弧菌 DNA芯片 比较基因组学 进化基因组学 功能基因组学 |
Development and evaluation of whole-genome DNA microarray of Vibrio parahaemolyticus |
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| Haihong Han,Xiaotao Zeng,Shengjun Yin,Ruifu Yang,Xiumei Liu,Dongsheng Zhou.Development and evaluation of whole-genome DNA microarray of Vibrio parahaemolyticus[J].Acta Microbiologica Sinica,2010,50(4). |
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| Authors: | Haihong Han Xiaotao Zeng Shengjun Yin Ruifu Yang Xiumei Liu Dongsheng Zhou |
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| Institution: | Haihong Han1,Xiaotao Zeng2,Shengjun Yin2,Ruifu Yang2,Xiumei Liu1,Dongsheng Zhou2(1Institute of Nutrition , Food Safety,Chinese Center for Disease Control , Prevention,Beijing 100021,China)(2State Key Laboratory of Pathogen , Biosecurity,Beijing Institute of Microbiology , Epidemiology,Beijing 100071,China) |
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| Abstract: | Objective We developed and evaluated a whole-genome DNA microarray of Vibrio parahaemolyticus.MethodsBased on the genomic sequences of V.parahaemolyticus,we chose a total number of 4770 genes,amplified them by PCR with specific primers,purified the PCR products and printed them onto glass slides.We performed two sets of hybridizations by the method of two-fluorescence comparative hybridization to evaluate the microarray quality,followed by PCR method to validate parts of microarray results.Results Microarra... |
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| Keywords: | Vibrio parahaemolyticus DNA microarray comparative genomics evolutionary genomics functional genomics |
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