| 基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发 |
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| 引用本文： | 邢睿,高庆波,张发起,李印虎,付鹏程,张金华,王久利,陈世龙. 基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发[J]. 微生物学报, 2014, 54(9): 1045-1052 |
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| 作者姓名： | 邢睿 高庆波 张发起 李印虎 付鹏程 张金华 王久利 陈世龙 |
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| 作者单位： | 中国科学院西北高原生物研究所，高原适应与进化重点实验室，青海西宁810008;中国科学院西北高原生物研究所，高原适应与进化重点实验室，青海西宁810008;中国科学院西北高原生物研究所，高原适应与进化重点实验室，青海西宁810008;中国科学院西北高原生物研究所，高原适应与进化重点实验室，青海西宁810008;中国科学院西北高原生物研究所，高原适应与进化重点实验室，青海西宁810008;中国科学院西北高原生物研究所，高原适应与进化重点实验室，青海西宁810008;中国科学院西北高原生物研究所，高原适应与进化重点实验室，青海西宁810008;中国科学院西北高原生物研究所，高原适应与进化重点实验室，青海西宁810008 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31270270，31200281，31110103911) |
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| 摘 要： | 【目的】本研究利用454焦磷酸测序技术,对青藏高原黄绿蜜环菌(Armillaria luteo-virens)转录组进行测序,从获得的Expressed sequence tags(EST)序列中开发EST-SSR引物。【方法】利用高通量测序获得的EST序列设计微卫星引物,通过PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳检测筛选出合格的微卫星引物。【结果】共得到了1997121条reads,总数据量超过80Mb,序列平均长度为449bp。对于所获得的reads进行拼接后得到了22236条非冗余的EST序列,其中含有2024条contigs(平均读长974bp)和20212条singletons(平均读长404bp)。在所有序列中共找到321条符合条件的含有SSR的序列,从中随机选择98对,成功开发出27对具有多态性条带的微卫星引物。利用采集自3个不同居群的66个个体对上述27对引物进行验证,有17对引物符合Hardy-Weinberg平衡且没有连锁不平衡现象。【结论】首次成功利用高通量测序技术开发的EST-SSR引物将会对今后黄绿蜜环菌遗传多样性的研究以及种质资源鉴定、遗传图谱构建等打下了坚实基础。
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| 关 键 词： | 焦磷酸测序 黄绿蜜环菌 微卫星 遗传多样性 青藏高原 |
| 收稿时间： | 2013-12-19 |
| 修稿时间： | 2014-02-11 |
Isolation and characterization of 27 polymorphic microsatellite markers in Armillaria luteo-virens (Physalacriaceae) |
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| Rui Xing,Qingbo Gao,Faqi Zhang,Yinhu Li,Pengcheng Fu,Jinhua Zhang,Jiuli Wang and Shilong Chen. Isolation and characterization of 27 polymorphic microsatellite markers in Armillaria luteo-virens (Physalacriaceae)[J]. Acta microbiologica Sinica, 2014, 54(9): 1045-1052 |
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| Authors: | Rui Xing Qingbo Gao Faqi Zhang Yinhu Li Pengcheng Fu Jinhua Zhang Jiuli Wang Shilong Chen |
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