利用RNA转录组数据库挖掘肿瘤细胞EZH2基因候选转录因子 |
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引用本文: | 刘文苏,田巍,周静,谷连坤,邓大君.利用RNA转录组数据库挖掘肿瘤细胞EZH2基因候选转录因子[J].中国生物化学与分子生物学报,2020(6):665-673. |
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作者姓名: | 刘文苏 田巍 周静 谷连坤 邓大君 |
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作者单位: | 北京大学肿瘤医院暨北京市肿瘤防治研究所病因学研究室 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(No.81672770)资助。 |
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摘 要: | 转录因子的筛选是基因转录调控研究的重要环节。通常人们通过候选转录因子基序(motif)结构域的DNA结合序列是否存在于靶基因启动子而进行筛选。基因表达相关性是发现基因间相互作用的一种有效手段。利用已有的多种人类基因组转录组公共数据库,通过对已知转录因子与靶基因共转录关系分析,本研究发现,肿瘤细胞系大百科全书(CCLE)基因共转录相关系数可作为筛选候选转录(抑制和激活)因子的新方法。对所挖掘出的7个与EZH2基因转录高度相关的候选转录因子(TCF7L2、PML、TBP、PHF8、RBBP5、MYBL2、NRF1)进行实验验证,发现PHF8和NRF1过表达(或敲降)确实促进(或抑制)EZH2基因转录;染色质免疫共沉淀实验和荧光素酶报告基因结果亦证实,PHF8和NRF1能够结合EZH2基因启动子DNA,提示PHF8和NRF1可能是EZH2基因的转录因子。
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关 键 词: | 转录组 基因共表达 转录因子 EZH2 PHF8 NRF1 |
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