甘蓝型油菜中一类AP2/ERF转录因子的克隆和生物信息学分析

AP2/ERF转录因子家族是植物中广泛存在的一类转录因子，AP2/ERF这类转录因子主要参与植物的细胞周期、生长发育以及生物和非生物胁迫相关基因的表达调控。由于拟南芥和油菜同属于芸薹属，具有相似的基因信息，利用油菜UniGene数据库，以拟南芥ERF转录因子保守序列为探针，通过电子克隆从一个UniGene Cluster中分离得到三个同类的AP2/ERF转录因子，从cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性分析、序列比对、进化树、功能域、二级结构、三级结构、无序化特性进行了预测和较为全面的分析。结果显示油菜来源的BnaERF1、BnaERF2和BnaERF3属于AP2/ERF转录因子的B-2亚族，是亲水性蛋白，在蛋白质的三级结构上与AtERF1相似。蛋白质无序化分析发现，油菜BnaERF1、BnaERF2和BnaERF3无序化程度小于拟南芥AtERF1。设计引物通过PCR和RT-PCR方法分别从甘蓝型双低油菜沪油15幼苗的DNA和cDNA中扩增了上述基因，初步分析BnaERF2没有内含子，BnaERF1和BnaERF3有内含子。另外，通过EST丰度分析显示，该类转录因子的表达最高峰在种子中，其次为花，在芽、茎和分生组织中没有检测出表达的存在。

In silico cloning and bioinformatic analyzing of AP2/ERF transcription factor genes from Brassica napus L.