| 对未知关系个体进行系谱推断的自动分析系统 |
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| 引用本文： | 张文杰,李彩霞,于迪,管珊珊,童梦洁,范虹,刘京.对未知关系个体进行系谱推断的自动分析系统[J].生命科学研究,2022(6):515-521. |
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| 作者姓名： | 张文杰 李彩霞 于迪 管珊珊 童梦洁 范虹 刘京 |
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| 作者单位： | 1. 陕西师范大学计算机科学学院;2. 公安部物证鉴定中心法医遗传学公安部重点实验室现场物证溯源技术国家工程实验室;3. 合肥市公安局刑警支队;4. 中国政法大学证据科学教育部重点实验室 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金面上项目(82171870)；;陕西省自然科学基金重点项目(2022ZJ-39)；;中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金资助项目(2021JB004)； |
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| 摘 要： | 基于短串联重复序列(short tandem repeat, STR)和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)的亲缘关系推断在群体遗传学、法医学等领域应用广泛,但目前没有成熟的系统可以实现针对STR数据和SNP数据的自动批量化处理。为弥补这一空白,项目组开发了一款基于STR数据和SNP数据的DNA系谱推断系统(DNA Genealogy Analyzer Version 1.0, DGA v1.0),该系统可运用STR和SNP亲缘关系预测算法计算未知亲缘关系群体中的所有亲缘关系。系统核心算法部分基于Python语言实现,前端部分采用HTML和CSS语言编写,整体采用Python的Flask框架开发。该系统与已有分析方法相比,结果一致性为100%,运算效率提高了800%以上,在群体遗传学等领域有重要应用价值。
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| 关 键 词： | 亲缘关系推断 短串联重复序列(STR) 单核苷酸多态性(SNP) 自动批量化 法医系谱推断 |
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