| mRNA序列与相应内含子序列匹配的普适性分析 |
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| 引用本文： | 张强,赵小庆,薄素玲,曹艳娟,苏文霞.mRNA序列与相应内含子序列匹配的普适性分析[J].生物信息学,2020,18(3):149-156. |
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| 作者姓名： | 张强 赵小庆 薄素玲 曹艳娟 苏文霞 |
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| 作者单位： | 内蒙古农业大学 理学院,呼和浩特 010018;内蒙古自治区农牧业科学院,呼和浩特 010031;内蒙古医科大学 计算机信息学院,呼和浩特 010110 |
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| 基金项目： | 内蒙古农业大学博士科研启动基金(No.NDYB2016-13);国家自然科学基金(No.11747084);内蒙古自然科学基金(No.2018BS03001)和内蒙古农业大学基础学科科研启动基金(No.JC2017003). |
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| 摘 要： | 剪切后的内含子在基因表达和调控过程中发挥重要作用,由此在成熟mRNA与相应的内含子之间也存在相互作用,并且二者协同进化。为了验证这一理论,以13个物种的基因组作为研究样本,凭借Smith-Waterman的局域比对方法,最终得到在成熟mRNA与其内含子序列之间的最佳匹配片段,同时在mRNA序列上显示出最佳匹配强度的分布区。然后对最佳匹配片段的长度、配对率的分布这两项参数进行分析之后,发现最佳匹配片段的这两个参数的特征,与siRNA和miRNA的结合特征是相近的;在mRNA序列上,得出UTR区与内含子相互作用强,GC含量低的片段偏好结合到3’UTR区,相反GC含量高的片段更倾向与5’UTR区发生相互作用。因此,最佳匹配片段的序列特征符合RNA-RNA相互作用规律,可以把内含子看成是一种具有基因表达调控功能的序列。以上研究对于进一步探讨内含子的功能和进化具有重大意义。
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| 关 键 词： | mRNA序列 内含子 局域比对 最佳匹配片段 GC含量 |
| 收稿时间： | 2019/11/21 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2020/1/17 0:00:00 |
Conservative analysis on matching between mRNA and corresponding intron |
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| ZHANG Qiang,ZHAO Xiaoqing,BO Suling,CAO Yanjuan,SU Wenxia.Conservative analysis on matching between mRNA and corresponding intron[J].China Journal of Bioinformation,2020,18(3):149-156. |
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| Authors: | ZHANG Qiang ZHAO Xiaoqing BO Suling CAO Yanjuan SU Wenxia |
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| Institution: | College of Science, Inner Mongolia Agriculture University, Hohhot 010018, China;Inner Mongolia Academy of Agricultural & Animal Husbandry Sciences, Huhhot 010031, China;College of Computer and Information Inner Mongolia Medical University, Hohhot 010110, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | mRNA Intron Local alignment Optimal matched segments GC content |
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