| 酶反应速率方程的普适形式 |
| |
| 引用本文： | 徐岷涓,朱晓梅,林保宏,敖平. 酶反应速率方程的普适形式[J]. 生物化学与生物物理进展, 2011, 38(8): 759-767 |
| |
| 作者姓名： | 徐岷涓 朱晓梅 林保宏 敖平 |
| |
| 作者单位： | 上海交通大学系统生物医学研究院，系统生物医学教育部重点实验室，上海 200240;GenMath, Corp. 5525 27th Ave.N.E., Seattle, USA, WA 98105;国立台湾科技大学, 电资学院电子工程系, 电资学院光电工程研究所;上海交通大学系统生物医学研究院，系统生物医学教育部重点实验室，上海 200240 |
| |
| 基金项目： | 国家重点基础研究发展计划(973)资助项目(2010CB529200, 2007CB914700) |
| |
| 摘 要： | 酶反应速率方程的普适形式是应用于相互关联的大规模代谢途径动力学建模的重要方法.把酶反应速率方程写成Michaelis-Menten-King-Altman方程形式可以使得动力学参数(或函数)容易与数据库中的实验数据相接轨,并可以处理任意数量的底物和产物,有利于大规模的计算.普适形式可以同时描述正、负反应方向,并能精确地用于准稳态条件.展示了在三类生物体系中广泛存在的酶反应机制中普适方程的严格推导过程,并讨论了普适方程的特点,针对不可逆反应酶反应产生的产物抑制效应可以自然消除,总结了在普适速率方程中体现调节剂的作用和协同作用.
|
| 关 键 词： | 普适酶反应速率方程 动力学模型 系统生物学 酶动力学 |
| 收稿时间： | 2010-09-27 |
| 修稿时间： | 2011-03-21 |
Generic enzymatic rate equation |
| |
| XU Min-Juan,ZHU Xiao-Mei,LIN Pao-Hung and AO Ping. Generic enzymatic rate equation[J]. Progress In Biochemistry and Biophysics, 2011, 38(8): 759-767 |
| |
| Authors: | XU Min-Juan ZHU Xiao-Mei LIN Pao-Hung AO Ping |
| |
| Affiliation: | XU Min-Juan1),ZHU Xiao-Mei2),LIN Pao-Hung3,4),AO Ping1)(1) Shanghai Center for Systems Biomedicine,Shanghai Jiao Tong University,Key Laboratory of Systems Biomedicine,Shanghai 200240,China,2) GenMath,Corp.5525 27th Ave.N.E.,Seattle,USA,WA 98105,3) Department of Electronic Engineering,Taiwan University of Science and Technology,Taipei 10607,4) Graduate Institute of Electro-Optical Engineering,China) |
| |
| Abstract: | Kinetic modeling of large-scale metabolic network require a generic enzymatic rate equation. In the generic form, kinetic parameters are clear and precise enough to correlate to experimental data and construct a database. Such a uniform form is easy to deal with arbitrary number of substrates and products in computation of dynamic modeling. The generic rate equation is symmetrical in both directions of reversible reaction and formally exact under the quasi-steady state condition. Here presented the rigorous derivation of generic rate equation from further three classical enzymatic rate equations and discussed the characters and uses of the generic form. |
| |
| Keywords: | generic enzymatic rate equation kinetic model systems biology enzyme kinetics |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《生物化学与生物物理进展》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《生物化学与生物物理进展》下载全文 |
|
