基于生物信息学分析Notch3通路在胃肠道肿瘤中预后作用 |
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引用本文: | 刘梦杰,翟子雨,华旭,华子春.基于生物信息学分析Notch3通路在胃肠道肿瘤中预后作用[J].基因组学与应用生物学,2022(4):877-889. |
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作者姓名: | 刘梦杰 翟子雨 华旭 华子春 |
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作者单位: | 1. 南京大学生命科学学院;2. 江苏省产业技术研究院医药生物技术研究所南京大学常州高新技术研究院 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(82130106; 31801084; 81630092)资助; |
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摘 要: | 本文旨在探讨Notch3通路基因在胃肠道肿瘤中预后的作用。通过Timer和GEPIA数据库在泛癌水平探索Notch3表达模式;利用GEO数据库中GSE31168和GSE11417芯片数据集,基于Spearman相关性分析和差异表达分析,对Notch3通路关键基因进行筛选;基于TCGA-STAD和TCGA-COAD数据集探索Notch3表达水平和胃癌、结肠癌患者生存的关联;应用Notch3特征基因进行胃癌和结肠癌风险评估模型构建。结果显示,Notch3在胃癌和结肠癌组织中的表达均高于对照的。胃癌Notch3表达水平与DLL1、DLL3、HEY1、HEYL、FLT4成正相关性,且Notch3、DLL1、DLL3、HEY1、HEYL、FLT4的高表达也与胃癌的预后不良呈正相关。利用结肠癌GSE11417研究表明,结肠癌Notch3表达水平与DLL1、DLL3、HEYL、FLT4成正相关性,且Notch3、DLL1、DLL3、HEYL、FLT4的高表达与结肠癌的预后不良成正相关。依据Notch3、DLL1、DLL3、HEYL和FLT4特征基因,构建的胃癌和结肠癌风险评估模型在TCGA中具备预后...
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关 键 词: | Notch3 胃癌 结肠癌 生物信息学 预后 |
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