| 秀丽隐杆线虫肠发育过程中的基因表达和可变剪接动态时序分析 |
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| 引用本文： | 王伟,刘喆,邢永强.秀丽隐杆线虫肠发育过程中的基因表达和可变剪接动态时序分析[J].基因组学与应用生物学,2022(6):1215-1226. |
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| 作者姓名： | 王伟 刘喆 邢永强 |
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| 作者单位： | 1. 内蒙古科技大学生命科学与技术学院;2. 内蒙古自治区功能基因组生物信息学重点实验室 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(62161039、 62071259)；;内蒙古科技大学优秀青年创新基金(2019YQL01)共同资助； |
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| 摘 要： | 本工作从NCBI数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)获取了秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)自胚胎分离的120 min到分离后480 min共5个时序点(T0、T1、T2、T3、T4)的10个肠组织样本的RNA-seq测序数据，质控后平均读段数1.3×107;构建了秀丽隐杆线虫肠组织发育过程中的基因表达矩阵(20191/基因数×10/样本数),识别了不同时序点间的差异表达基因；建立了每个时序点的可变剪接图谱，并识别了不同时序点间的差异可变剪接事件。结果表明，随着原肠形成的进行，源于内胚层的肠组织中大量基因的表达量上调，保证了原肠运动过程中细胞大量增殖的精准调控。可变3′在肠组织5个时序点中的平均占比最高，外显子跳跃、可变5′、内含子保留的平均占比相近。相较其他4个时序点，T1时序点的可变剪接丰度最大，表明可变剪接在原肠运动起始阶段有着重要的调控作用。肠组织增殖期的起始阶段(T0)与增殖期后期(T3)和型态形成期(T4)间的差异可变剪接事件丰度较高，表明部分基因通过形成不同的异构体参与秀丽隐杆线虫肠发育调控。...
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| 关 键 词： | 秀丽隐杆线虫 差异表达基因 可变剪接 时序特异性 |
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