| 李白盾蚧转录组分析及SSR位点开发 |
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| 引用本文： | 杜炫星,牛敏敏,赵清,蔡波,卢运运,魏久锋,张虎芳. 李白盾蚧转录组分析及SSR位点开发[J]. 环境昆虫学报, 2023, 45(5): 1318-1332 |
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| 作者姓名： | 杜炫星 牛敏敏 赵清 蔡波 卢运运 魏久锋 张虎芳 |
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| 作者单位： | 1.山西农业大学植物保护学院，山西太谷030801；2.忻州师范学院生物系，山西忻州 034000；3. 海口海关热带植物隔离检疫中心，海口570311 |
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| 基金项目： | 山西省归国留学人员科研资助项目（2020-065，2020-064）；山西省基础研究计划（202103021224132，202103021224331）；国家自然科学基金（32100370，31872272）；山西农业大学创新基金项目（2020BQ79）；海南省重点研发计划项目（ZDYF2018098） |
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| 摘 要： | 李白盾蚧Pseudaulacaspis prunicola (Maskell)寄主范围广泛，是一种重要的入侵害虫。本研究利用高通量测序平台（Illumina NovaSeq 6000）对李白盾蚧进行转录组测序、de novo从头组装及功能注释，在此基础上筛选其微卫星（SSR）位点，并挖掘微卫星引物。研究共获得李白盾蚧转录组60 296条转录本，24 967条单基因（unigenes）序列。通过GO数据库注释，将所有unigenes的功能分为生物学进程、细胞组分和分子功能三大类41个亚类功能区。KOG数据库注释结果显示，5 085条unigenes归到25个基因家族，注释到一般功能预测的数目最多。KEGG代谢通路富集分析显示6 668条unigenes注释到280个代谢通路，其中注释到内质网中蛋白质加工的数目最多。利用MISA软件共搜索到微卫星位点18 193个，分布在9 043条unigenes中，占总unigenes数量的36.22%，平均每2.29 kb出现一个SSR位点。其中主要重复类型为单核苷酸重复，占SSR位点总数的72.03%，其次为三核苷酸重复（15.90%）和二核苷酸重复（8.48%）。单核苷酸重复主要为A/T（71.16%），二核苷酸重复主要为AG/CT（5.20%）。基于Primer Primer 3软件设计出12 538对李白盾蚧SSR引物，从中随机挑选50对引物进行PCR验证，共29对引物可以稳定扩增出目的片段。本研究成功组装了李白盾蚧转录组数据，并基于转录组数据成功筛选出其微卫星位点，为未来该虫的种群遗传学以及入侵生物学研究提供了数据支撑。
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| 关 键 词： | 李白盾蚧；高通量测序；转录组分析；微卫星；分子标记 |
Analysis of the transcriptome and development of SSR Loci in Pseudaulacaspis prunicola (Maskell) |
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| DU Xuan-Xing,NIU Min-Min,ZHAO Qing,CAI Bo,LU Yun-Yun,WEI Jiu-Feng,ZHANG Hu-Fang. Analysis of the transcriptome and development of SSR Loci in Pseudaulacaspis prunicola (Maskell)[J]. Journal of Environmental Entomology, 2023, 45(5): 1318-1332 |
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| Authors: | DU Xuan-Xing NIU Min-Min ZHAO Qing CAI Bo LU Yun-Yun WEI Jiu-Feng ZHANG Hu-Fang |
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| Affiliation: | 1. Shanxi Agricultural University, College of Plant Protection, Taigu 030801, Shanxi Province, China; 2. Xinzhou Teachers University, Department of Biology, Xinzhou 034000, Shanxi Province, China; 3. Haikou Customs, Tropical Plant Quarantine Center, Haikou 570311, China |
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