| 基于高通量测序的麦红吸浆虫转录组分析 |
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| 引用本文： | 蒋月丽,李彤,武予清,苗进,巩中军,段云,刘启航. 基于高通量测序的麦红吸浆虫转录组分析[J]. 环境昆虫学报, 2020, 42(1): 128-136 |
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| 作者姓名： | 蒋月丽 李彤 武予清 苗进 巩中军 段云 刘启航 |
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| 作者单位： | 河南省农业科学院植物保护研究所,河南省农作物病虫害防治重点实验室,农业部华北南部有害生物治理重点实验室,郑州450002;河南省农业科学院植物保护研究所,河南省农作物病虫害防治重点实验室,农业部华北南部有害生物治理重点实验室,郑州450002;河南省农业科学院植物保护研究所,河南省农作物病虫害防治重点实验室,农业部华北南部有害生物治理重点实验室,郑州450002;河南省农业科学院植物保护研究所,河南省农作物病虫害防治重点实验室,农业部华北南部有害生物治理重点实验室,郑州450002;河南省农业科学院植物保护研究所,河南省农作物病虫害防治重点实验室,农业部华北南部有害生物治理重点实验室,郑州450002;河南省农业科学院植物保护研究所,河南省农作物病虫害防治重点实验室,农业部华北南部有害生物治理重点实验室,郑州450002;河南省农业科学院植物保护研究所,河南省农作物病虫害防治重点实验室,农业部华北南部有害生物治理重点实验室,郑州450002 |
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| 基金项目： | 国家小麦产业体系地下害虫岗位（CARS-03） |
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| 摘 要： | 麦红吸浆虫Sitodiplosis mosellana(Gehin)是一种世界性的小麦害虫。为获得其转录组信息,本研究采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq TM 2000对麦红吸浆虫成虫转录组进行测序。共获得转录组样本数据量为27.88 G,经分析共获得59257个Unigenes,总长度49861164 bp,最短20 bp,最长29282 bp,平均长度841 bp。将Unigenes序列与NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、GO和KOG数据库进行比对(e≤10-10),共获得95029个结果。通过GO功能分类,共有19584个Unigenes在GO数据库中细胞组分、分子功能和生物学过程等3大类50个功能组中找到对应。与KOG数据库进行比对,共有11279个麦红吸浆虫Unigenes被注释,按功能大致可分为26类。通过KEGG pathways分析,共有9110个麦红吸浆虫Unigenes被注释,分别归属于细胞进程、环境信息进程、遗传信息进程、新陈代谢和有机体系统5大类代谢途径,主要包括细胞生长与死亡、细胞运动、信号转导、能量代谢等32类代谢途径。CDS预测发现30088条序列可被编码,占全部基因的50.78%。SSR位点查找发现,在59257个Unigenes中共找到36323个SSR位点,发生率为61.30%。本研究获得的巨大的麦红吸浆虫转录组信息,为麦红吸浆虫的功能基因挖掘提供了重要的信息资源。
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| 关 键 词： | 麦红吸浆虫 高通量测序 转录组 生物信息学 |
Transcriptome analysis of Sitodiplosis mosellana Gehin by RNA-Seq |
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| JIANG Yue-Li,LI Tong,WU Yu-Qing,MIAO Jin,GONG Zhong-Jun,DUAN Yun,LIU Qi-Hang. Transcriptome analysis of Sitodiplosis mosellana Gehin by RNA-Seq[J]. Journal of Environmental Entomology, 2020, 42(1): 128-136 |
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| Authors: | JIANG Yue-Li LI Tong WU Yu-Qing MIAO Jin GONG Zhong-Jun DUAN Yun LIU Qi-Hang |
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| Affiliation: | Henan Key Laboratory of Crop Pests Control of Henan Province, IPM Key Laboratory in South of North China, Ministry of Agriculture, Institute of Plant Protection, Henan Academy of Agricultural Sciences, Zhengzhou 450002, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | |
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