| 基于转录组测序数据识别黑猩猩RNA编辑位点 |
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| 引用本文： | 王端青,何涛,汪莉,王玉民,邵卫东. 基于转录组测序数据识别黑猩猩RNA编辑位点[J]. 生物化学与生物物理进展, 2012, 39(3): 282-293 |
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| 作者姓名： | 王端青 何涛 汪莉 王玉民 邵卫东 |
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| 作者单位： | 苏州大学电子信息学院，军事医学科学院生物工程研究所;军事医学科学院生物工程研究所;军事医学科学院生物工程研究所;军事医学科学院生物工程研究所;苏州大学电子信息学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(30800644), 国家高技术研究发展计划(863)(2007AA022204)和国家科技重大新药创制专项(2008ZXJ09007-001)资助 |
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| 摘 要： | 使用转录组测序(RNA-Seq)数据识别黑猩猩RNA编辑位点，探索了RNA编辑的识别机制以及潜在的功能影响．基于黑猩猩RNA-Seq数据与基因组序列的比对信息发现RNA-DNA错配位点，并构建编辑位点候选集．从中滤除基因组或转录组测序质量低的位点，其他的过滤条件包括3′端测不准、覆盖度、SNP位点以及估算的编辑水平．构建二项分布统计模型和Bonferroni多重检验滤除候选集中的随机错误，得到RNA编辑位点．选取落在已知基因上的编辑位点进行功能分析，并用Two Sample Logo软件分析编辑位点上下游序列的特征．识别出黑猩猩12种碱基替换型RNA编辑位点8 334个，其中有41个编辑位点改变原有的氨基酸，另有3个编辑位点落在microRNA(miRNA)潜在靶基因的种子结合区．统计学分析表明，分别有640和872个RNA编辑位点存在组织和性别差异．上下游碱基频率分析表明，多种类型的编辑位点紧邻碱基具有显著偏好．结果显示， RNA编辑在黑猩猩体内大量存在，且潜在具有重要的生物学功能，为进一步深入研究灵长类RNA编辑的机制奠定了基础．
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| 关 键 词： | 黑猩猩，RNA编辑，转录组测序，计算识别 |
| 收稿时间： | 2011-07-14 |
| 修稿时间： | 2011-10-22 |
Identification of RNA Editing Sites in Chimpanzee by Transcriptome-wide Sequencing Data |
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| WANG Duan-Qing,HE Tao,WANG Li,WANG Yu-Min and SHAO Wei-Dong. Identification of RNA Editing Sites in Chimpanzee by Transcriptome-wide Sequencing Data[J]. Progress In Biochemistry and Biophysics, 2012, 39(3): 282-293 |
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| Authors: | WANG Duan-Qing HE Tao WANG Li WANG Yu-Min SHAO Wei-Dong |
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| Affiliation: | 1)(1) School of Electronics and Information,Soochow University,Suzhou 215006,China; 2) Institute of Biotechnology,Academy of Military Medical Sciences,Beijing 100071,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | chimpanzee RNA editing RNA-Seq computational identification |
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