| smc5基因敲除斑马鱼肝脏转录组学分析 |
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| 引用本文： | 施缘萍,朱文娇,张昌润,彭雅洁,乔 洁. smc5基因敲除斑马鱼肝脏转录组学分析[J]. 现代生物医学进展, 2022, 0(23): 4401-4406 |
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| 作者姓名： | 施缘萍 朱文娇 张昌润 彭雅洁 乔 洁 |
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| 作者单位： | 上海交通大学医学院附属第九人民医院内分泌科 上海 200011 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（81873652）；上海市自然科学基金项目（21ZR1438300） |
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| 摘 要： | 摘要 目的：探讨smc5基因敲除对斑马鱼肝脏基因表达谱的影响，进一步明确smc5突变对斑马鱼代谢的影响。方法：用CRISPR/Cas9技术构建smc5基因敲除斑马鱼模型，取3个月的smc5-/-和野生型斑马鱼肝脏进行转录组测序，创建基因表达谱文库，观察smc5基因敲除后斑马鱼肝脏基因表达谱的变化，将筛选出的差异表达基因进行功能富集，并运用荧光定量PCR对KEGG通路中显著的差异表达基因进行验证。结果：成功构建出7号外显子上2碱基缺失造成移码突变的smc5基因敲除斑马鱼模型。RNA-seq发现smc5-/-斑马鱼的肝脏基因表达谱变化显著，包含p53的多个通路激活，如细胞周期和凋亡。糖酵解、脂肪酸降解与代谢、丙酮酸代谢等相关通路显著下调。荧光定量PCR结果与RNA-seq结果一致。结论：smc5基因敲除下调斑马鱼肝脏糖脂代谢。本研究结果为进一步研究SMC5基因在糖脂代谢调控中的潜在机制奠定基础。
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| 关 键 词： | CRISPR/Cas9；斑马鱼；smc5；代谢；转录组测序 |
| 收稿时间： | 2022-04-23 |
| 修稿时间： | 2022-05-18 |
The Hepatic Transcriptome Analysis of smc5 Knockout Zebrafish Model |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | CRISPR/Cas9 Zebrafish smc5 Metabolism RNA-seq |
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