| 甘薯属耐盐植物马鞍藤基因组大小及特征分析 |
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| 引用本文： | 霍恺森,赵冬兰,陈艳丽,周志林,王珧,唐君,朱国鹏,曹清河.甘薯属耐盐植物马鞍藤基因组大小及特征分析[J].植物遗传资源学报,2019(3):728-735. |
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| 作者姓名： | 霍恺森 赵冬兰 陈艳丽 周志林 王珧 唐君 朱国鹏 曹清河 |
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| 作者单位： | 江苏徐淮地区徐州农业科学研究所;海南大学热带农林学院 |
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| 基金项目： | 国家甘薯产业技术体系资源评价岗(CARS-10-B1-2017);国家自然科学基金(31461143017);国家农作物种质资源平台徐州甘薯平台(NICGR-062);江苏省重点研发项目(BE2016394)~~ |
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| 摘 要： | 马鞍藤(Ipomoea pes-caprae(L.)R. Br.)是甘薯的近缘野生种之一,为热带、亚热带海滩生长的多年生藤蔓植物,作为沿海地区的园林绿化植物之一,具有较强的耐盐性。马鞍藤基因组学的研究可为耐盐甘薯种质创制提供信息参考。本试验调查了马鞍藤基因组大小和特征概况,为后续全基因组精细图谱绘制打下基础。研究以已知基因组大小的三裂叶薯(Ipomoea triloba L.)为对照,运用流式细胞术对马鞍藤基因组大小进行初步预估;使用二代高通量测序技术(Illumina Hiseq2500)对马鞍藤基因组进行survey评估,测序深度30×,利用生物信息学方法估算马鞍藤GC含量(即鸟嘌呤和胞嘧啶所占比例)、杂合率、重复序列等基因组概况。结果表明:流式细胞术估算马鞍藤基因组大小为1012.704±17.37 Mb;经全基因组Survey测定获得马鞍藤有效数据为21.71 Gb,基因组大小经修正后估算为1041.65 Mbp;通过K-mer分布曲线估算马鞍藤基因组中重复序列所占比率为74.52%,杂合率为0.99%;经初步组装后,GC平均深度及含量分布存在异常,出现分层的现象,这可能与马鞍藤基因组杂合率较高有关。本试验首次报导甘薯属耐盐植物马鞍藤基因组大小及特征信息,为马鞍藤进一步的全基因组深度测序和甘薯耐盐基因挖掘打下基础。
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| 关 键 词： | 马鞍藤 流式细胞术 基因组测序 GC含量 杂合度 重复序列 |
Analysis of Genome Size and Characteristics of Salt-tolerant Plant Ipomoea pes-caprae(L.) R.Br. |
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| HUO Kai-sen,ZHAO Dong-lan,CHEN Yan-li,ZHOU Zhi-lin,WANG Yao,TANG Jun,ZHU Guo-peng,CAO Qing-he.Analysis of Genome Size and Characteristics of Salt-tolerant Plant Ipomoea pes-caprae(L.) R.Br.[J].Journal of Plant Genetic Resources,2019(3):728-735. |
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| Authors: | HUO Kai-sen ZHAO Dong-lan CHEN Yan-li ZHOU Zhi-lin WANG Yao TANG Jun ZHU Guo-peng CAO Qing-he |
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| Institution: | (Jiangsu Xuhuai Regional Xuzhou Institute of Agricultural Sciences, Xuzhou 221131;Institute of Tropical Agriculture and Forestry, Hainan University, Haikou 570228) |
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| Abstract: | HUO Kai-sen;ZHAO Dong-lan;CHEN Yan-li;ZHOU Zhi-lin;WANG Yao;TANG Jun;ZHU Guo-peng;CAO Qing-he(Jiangsu Xuhuai Regional Xuzhou Institute of Agricultural Sciences, Xuzhou 221131;Institute of Tropical Agriculture and Forestry, Hainan University, Haikou 570228) |
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| Keywords: | Ipomoea pes-caprae(L )R Br flow cytometry genome sequencing GC content heterozygosity repetitive sequences |
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