| 基于5 993个核基因的被子植物系统发育关系研究 |
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| 引用本文： | 金 鑫,程 书,杨 拓,余 慷,段肖霞,倪雪梅,李世明,张耕耘.基于5 993个核基因的被子植物系统发育关系研究[J].广西植物,2020,40(1):44-59. |
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| 作者姓名： | 金 鑫 程 书 杨 拓 余 慷 段肖霞 倪雪梅 李世明 张耕耘 |
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| 作者单位： | 中国科学院 广西植物研究所, 广西 桂林 541006 |
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| 基金项目： | 国家科技支撑计划(2015BAD02B01-7); 广东省农作物核心资源开发应用企业重点实验室(2011A091000047); 深圳市科技计划项目(JCYJ20150831201123287); 深圳作物分子设计聚合育种工程实验室提升项目(深发改 [2015]946号)[Supported by Key Technology R & D Program of China(2015BAD02B01-7); Key Laboratory of Crop Core Resources Development and Application Enterprises of Guangdong(2011A091000047); Science and Technology Program of Shenzhen(JCYJ20150831201123287); Molecular Design and Polymerization Breeding Engineering Laboratory of Shenzhen([2015]946)]。 |
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| 摘 要： | 系统发育关系的构建对被子植物分类及进化研究非常重要。长期以来,被子植物系统发育的研究,大多使用质体基因、线粒体基因或少数保守的单拷贝核基因。该研究从已注释基因组或转录组中搜集88种被子植物(包含58目)的核基因集;通过对其进行同源基因聚类及去旁系同源基因,获得了5 993个一对一的直系同源基因家族(即对于每个基因家族,每种植物最多一条序列,最少包含50个物种);使用截取各种不同数目基因集的DNA或氨基酸序列,采用串联法(concatenation)和溯祖法(coalescence),共构建了20棵进化树。比较这些进化树,虽然大部分结果支持APG IV中描述的被子植物主要支系之间的关系(真双子叶植物,单子叶植物),木兰类植物],但真双子叶植物内部各目分支的演化关系与APG IV有一个很大的不同,即认为檀香目和石竹目是蔷薇类植物的姊妹群。基于这些进化树,估算了被子植物各目分支的分化时间,结果表明被子植物的起源时间为237.78百万年前(95%置信区间为202.6～278.08),与主流观点认为的225百万年至240百万年前一致。以上结果为构建进化树提供了一种可行性策略,这种方法允许使用基因数目更多而计算速度更快。
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| 关 键 词： | 系统发育关系 被子植物 核基因 同源基因聚类 串联法 溯祖法 分化时间 |
| 收稿时间： | 2019/10/25 0:00:00 |
Reconstruction of angiosperm phylogeny
based on 5 993 nuclear genes |
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| JIN Xin,CHENG Shu,YANG Tuo,YU Kang,DUAN Xiaoxi,NI Xuemei,LI Shiming,ZHANG Gengyun.Reconstruction of angiosperm phylogeny
based on 5 993 nuclear genes[J].Guihaia,2020,40(1):44-59. |
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| Authors: | JIN Xin CHENG Shu YANG Tuo YU Kang DUAN Xiaoxi NI Xuemei LI Shiming ZHANG Gengyun |
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| Institution: | 1. BGI-Shenzhen, Shenzhen 518083, Guangdong, China; 2. BGI Institute of Applied Agriculture, Shenzhen 518120, Guangdong, China;
3. China National GeneBank, Shenzhen 518120, Guangdong, China; 4. Key Laboratory of Genomics,
Ministry of Agriculture, BGI-Shenzhen, Shenzhen 518083, Guangdong, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | phylogeny angiosperms nuclear genes ortholog inference concatenation coalescence divergence time |
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