| 葡萄BRX基因家族生物信息学分析 |
| |
| 引用本文： | 李文芳,陈佰鸿,毛娟,马宗桓,杨世茂. 葡萄BRX基因家族生物信息学分析[J]. 生物信息学, 2015, 13(3): 158-164 |
| |
| 作者姓名： | 李文芳 陈佰鸿 毛娟 马宗桓 杨世茂 |
| |
| 作者单位： | 甘肃农业大学园艺学院,兰州 730070,甘肃农业大学园艺学院,兰州 730070,甘肃农业大学园艺学院,兰州 730070,甘肃农业大学园艺学院,兰州 730070,甘肃农业大学园艺学院,兰州 730070 |
| |
| 基金项目： | 甘肃省农牧厅农业科技创新项目(GNCX-2013-38)；甘肃省自然基金(1308RJYA062)；国家自然科学基金(31460500)。 |
| |
| 摘 要： | BRX基因家族是一类植物特有的转录因子家族,在拟南芥中参与调节根细胞的增殖与伸长。利用生物信息学方法对葡萄基因组中存在的BRX基因家族进行了电子克隆,并对其进行了基因组的定位、蛋白质的结构、理化性质、二级结构及亚细胞定位的预测与分析,并对其与其它植物进化的亲缘关系进行了研究。基因组定位结果发现:葡萄基因组中6个BRX基因集中分布在3条染色体上,其中Vv BRX1和Vv BRX2分布在第2条染色体上,Vv BRX3和Vv BRX4分布在第9条染色体上,Vv BRX5和Vv BRX6分布在第11条染色体上;编码蛋白的氨基酸数目为360~560个,Vv BRX5的相对分子量(61 884.4)和理论等电点(9.38)均最大,而Vv BRX1的相对分子量(40 239.1)和理论等电点(6.23)均最小。研究显示,不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间存在一定的差异,但都为疏水性蛋白;α-螺旋和无规则卷曲为6个BRX氨基酸序列的主要组成部分;均不存在跨膜域及信号肽。基因结构分析表明,6个BRX基因都含有外显子和内含子结构。亚细胞定位分析表明:6个Vv BRX基因均定位于细胞核。系统进化分析结果表明,Vv BRX1、Vv BRX2基因与胡杨的亲缘关系最近,相似性达96%;Vv BRX3、Vv BRX4与蓖麻、麻疯树、柑橘、可可、大豆聚为一类,说明其进化关系较近;Vv BRX5与其它Vv BRX基因明显分开;Vv BRX6基因与莲的亲缘关系最近。试验结果为葡萄BRX基因家族的克隆和功能分析奠定了一定的研究基础。
|
| 关 键 词： | 葡萄 BRX基因家族 生物信息学分析 |
| 收稿时间： | 2015-03-15 |
| 修稿时间： | 2015-06-05 |
Bioinformatics analysis of the BRXgene family in grape |
| |
| LI Wenfang,CHEN Baihong,MAO Juan,MA Zonghuan and YANG Shimao. Bioinformatics analysis of the BRXgene family in grape[J]. Chinese Journal of Bioinformatics, 2015, 13(3): 158-164 |
| |
| Authors: | LI Wenfang CHEN Baihong MAO Juan MA Zonghuan YANG Shimao |
| |
| Affiliation: | College of Horticulture, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070,China,College of Horticulture, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070,China,College of Horticulture, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070,China,College of Horticulture, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070,China and College of Horticulture, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070,China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Grapevine BRXgene family Bioinformatics analysis |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《生物信息学》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《生物信息学》下载免费的PDF全文 |
|
