| 茄子microRNAs与其靶基因的生物信息学预测 |
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| 作者姓名： | Zhang L Chao JT Cui MM Chen YQ Zong P Sun YH |
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| 作者单位： | 1. 中国农业科学院烟草研究所,中国农业科学院烟草遗传改良与生物技术重点开放实验室,青岛266101;中国农业科学院研究生院,北京100081
2. 中国农业科学院烟草研究所,中国农业科学院烟草遗传改良与生物技术重点开放实验室,青岛266101 |
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| 基金项目： | 国家烟草专卖局重点科技项目 |
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| 摘 要： | microRNAs(miRNAs)是一类在真核生物中发现的长度为21 nt左右、非编码、内源性的单链小分子RNA,通过与靶基因的互补发挥转录后水平的负调控作用。目前,已在许多物种中报道了miRNAs的存在,然而还未见关于茄子miRNAs的报道。根据miRNAs在植物中的高度保守性及其前体的二级结构特征,文章通过同源预测的方法,将已知植物的miRNAs与茄子EST数据库比对,经过一系列的筛选,最终预测到12个家族的16条茄子miRNAs,其中包括3个miRNA家族的正义/反义miRNAs,而miR390和miR399家族的正义/反义miRNAs属于第一次发现。文章还通过在线软件psRNATarget预测到15条茄子miRNAs的71个靶基因,这些靶基因主要编码与茄子生长发育、新陈代谢以及胁迫响应等过程相关的蛋白。
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| 关 键 词： | 茄子 microRNAs(miRNAs) 靶基因 生物信息学 EST |
Bioinformatic prediction of conserved microRNAs and their target genes in eggplant (Solanum melongena L.) |
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| Zhang L,Chao JT,Cui MM,Chen YQ,Zong P,Sun YH.Bioinformatic prediction of conserved microRNAs and their target genes in eggplant (Solanum melongena L.)[J].Hereditas,2011,33(7):776-784. |
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| Authors: | Zhang Lei Chao Jiang-Tao Cui Meng-Meng Chen Ya-Qiong Zong Peng Sun Yu-He |
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| Institution: | ZHANG Lei1,2,CHAO Jiang-Tao1,CUI Meng-Meng1,CHEN Ya-Qiong1,ZONG Peng1,SUN Yu-He1 1.Key Laboratory of Tobacco Genetic Improvement and Biotechnology,Chinese Academy of Agricultural Sciences,Tobacco Research Institute,Qingdao 266101,China,2.Graduate School,Beijing 100081 |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | microRNAs(miRNAs) EST |
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