基于转录组测序的缺须盆唇鱼微卫星标记特征分析 |
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引用本文: | 任芳,马秀慧.基于转录组测序的缺须盆唇鱼微卫星标记特征分析[J].基因组学与应用生物学,2021,40(3):1055-1060. |
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作者姓名: | 任芳 马秀慧 |
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作者单位: | 贵州大学动物科学学院,贵阳,550025;贵州大学特种水产动物研究所,贵阳,550025;贵州大学,高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室,贵阳,550025 |
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摘 要: | 缺须盆唇鱼(Placocheilus cryptonemus)是云南省怒江流域特有的一种高原经济鱼类.通过在Illumi-naHiSeq 2500平台上对缺须盆唇鱼进行转录组测序(RNA-seq)分析,利用MicroSAtellite (MISA)微卫星识别工具对1~6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定.结果 表明,在缺须盆唇鱼转录组中共发现分布在36764条Unigene上的30500个SSR位点,包含序列的SSR数量为18078,发生频率为49.17%.获得的单纯SSR中共有215种重复基元,其中单核苷酸重复基元类型数量最多,为88个,六碱基重复的SSR最少,其他的重复从二、三、四、五、六碱基开始,SSR的形成呈现递减规律.SSR位点的重复次数主要发生在6~10次和11~15次重复之间,发生频率分别为38.59%和36.02%.本研究对缺须盆唇鱼的转录组数据进行测序鉴定,得到了数量较多的SSR标记,同时对得到的缺须盆唇鱼SSR数据特点进行归纳总结.本研究不仅提供了一个有价值的转录组资源,而且建立了一套SSR标记,可以为缺须盆唇鱼的基础研究、应用研究提供有效的分子标记.
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关 键 词: | 缺须盆唇鱼 转录组测序 微卫星标记 |
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