溶藻弧菌Ⅲ型分泌系统效应蛋白Va1686基因的克隆和生物信息学分析

本研究从溶藻弧菌中成功克隆获得Va1686基因的编码区序列(Gen Bank:KX245316),该基因全长1 164 bp,可编码387个氨基酸,应用生物信息学的方法和工具对溶藻弧菌HY9901Ⅲ型分泌系统效应蛋白Va1686的理化性质、蛋白结构、遗传进化关系和抗原特性等方面进行预测和分析。结果表明:Va1686蛋白为稳定的亲水性蛋白,蛋白呈酸性,不具有跨膜区和信号肽,二级结构以α螺旋为主。进化分析显示溶藻弧菌HY9901与哈维氏弧菌(V.harveyi)聚为一支,表明在进化关系上最为接近。Va1686蛋白包含一段与细胞分裂相关的Fic superfamily保守结构域。生物信息学分析表明Va1686可能的B细胞抗原优势表位,分别是第48~49、82~85、125~126、150~153、185~186、236~237等区段。利用SWISS-MODEL软件,模拟了Va1686亚基三维结构模型,发现与其同源蛋白副溶血弧菌vop S非常相似,相似度达到89.46%。本研究从生物信息学角度分析了Va1686作为弧菌共同抗原的可行性,为下一步的疫苗研发提供了理论依据。