| 美国西部不同地区Grayia spinosa核DNA ITS序列分析 |
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| 引用本文： | 成彩霞,苏 雪,高 婷,周 璇. 美国西部不同地区Grayia spinosa核DNA ITS序列分析[J]. 广西植物, 2018, 38(5): 617-625 |
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| 作者姓名： | 成彩霞 苏 雪 高 婷 周 璇 |
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| 作者单位： | 西北师范大学生命科学学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31260054)[Supported by the National Natural Science Foundation of China(31260054)]。 |
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| 摘 要： | 藜科植物Grayia spinosa是美国西部地区的特有种,多生长在干旱盐碱地,具有重要的生态价值。该研究测定了采自美国西部犹他州G.spinosa的nrDNA ITS序列,与Gen Bank中已提交的G.spinosa的所有ITS序列以及G.spinosa的四个近缘种作为外类群进行比较,分析了美国西部不同地区G.spinosa ITS序列的一级结构与其RNA二级结构的变异规律。结果表明:所有G.spinosa样品的nrDNA ITS序列长度在611~623 bp之间,GC含量在60.35%~61.0%之间,序列间共存在22个变异位点,5个为简约信息位点。各样品间的遗传距离在0.001 8~0.008 9之间,不同样品间的遗传距离与地理距离的相关性不显著。邻接法构建的系统发育树显示所有G.spinosa聚为一大支,与外类群形成明显分支。此外,利用RNAfold在线软件预测了G.spinosa ITS序列的RNA二级结构,将8个G.spinosa样品的RNA二级结构根据构型差异大体上分为四类,分别记为type A,B,C和D四类,主要变异出现在ITS1和ITS2区。所不同的是在G.spinosa ITS的一级结构分析中GSNE1与GSWA8体现出更近的亲缘关系,但二者的RNA二级结构差异明显,同时GSNE2、GSUT3、GSUT4、GSCA5、GSCA6、GSCO7在ITS序列一级结构分析中也体现出较近的亲缘关系,但是他们的RNA二级结构差异明显。这可能与ITS序列的RNA二级结构在进化中体现出更大的保守性有关。
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| 关 键 词： | Grayia spinosa ITS 序列变异 二级结构 藜科 |
| 收稿时间： | 2018-03-23 |
nrDNA ITS sequence analysis of Grayia spinosa(Chenopodiaceae)from different regions in the Western United States |
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| CHENG Caixi,SU Xue,GAO Ting,ZHOU Xuan. nrDNA ITS sequence analysis of Grayia spinosa(Chenopodiaceae)from different regions in the Western United States[J]. Guihaia, 2018, 38(5): 617-625 |
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| Authors: | CHENG Caixi SU Xue GAO Ting ZHOU Xuan |
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| Affiliation: | College of Life Sciences, Northwest Normal University, Lanzhou 730070, China |
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| Abstract: | University of Traditional Chinese Medicine, Chengdu 611137, China |
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| Keywords: | Grayia spinosa ITS sequence variation secondary structure Chenopodiaceae |
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