溶藻弧菌Ⅲ型分泌系统效应蛋白HY322基因的克隆和生物信息学分析 |
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引用本文: | 宋大伟,庞欢瑛,邱明生,林紫薇,蔡双虎,蔡佳,汤菊芬,简纪常.溶藻弧菌Ⅲ型分泌系统效应蛋白HY322基因的克隆和生物信息学分析[J].基因组学与应用生物学,2018(7). |
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作者姓名: | 宋大伟 庞欢瑛 邱明生 林紫薇 蔡双虎 蔡佳 汤菊芬 简纪常 |
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作者单位: | 广东海洋大学水产学院;广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室;广东省水产经济动物病害控制重点实验室 |
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摘 要: | 本研究从溶藻弧菌中成功克隆获得HY322基因的编码区序列(GenBank:KX245317.1),该基因全长969 bp,可编码322个氨基酸,应用生物信息学的方法和工具对溶藻弧菌HY9901效应蛋白HY322的理化性质、蛋白结构、遗传进化关系和抗原特性等方面进行预测和分析。结果表明:HY322蛋白为不稳定的亲水性蛋白,蛋白呈酸性,无跨膜区,无明显的信号肽;二级结构以α螺旋为主,进化分析显示溶藻弧菌HY9901与哈维氏弧菌(V.harveyi)聚为一支,表明在进化关系上最为接近。HY322序列中包含有一个与鞭毛形成有关的Fli N功能结构域。多种参数预测了HY322可能的B细胞抗原优势表位,分别是第32~33、100~102、138~140、215~216、235~238、246~249区段。利用SWISS-MODEL软件,得到了HY322亚基三维模型。本研究从生物信息学角度验证了HY322作为弧菌共同抗原的可行性,为下一步的疫苗研发提供了理论依据。
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