| 阴地蕨全转录组分析及植物激素信号转导相关基因筛选 |
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| 引用本文： | 张林甦,韩忠耀,王传明,邓先扩. 阴地蕨全转录组分析及植物激素信号转导相关基因筛选[J]. 广西植物, 2020, 40(4): 536-545 |
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| 作者姓名： | 张林甦 韩忠耀 王传明 邓先扩 |
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| 作者单位： | 黔南民族医学高等专科学校 药学系, 贵州 都匀 558000 |
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| 基金项目： | 贵州省科技基金(QKH-JC- [2016]1137); 黔南科技基金(QNKHSZ [2016]-2); 黔南民族医学高等专科学校基金(QNYZ-201602,QNYZ-201801)[Supported by Guizhou Science and Technology Foundation(QKH-JC-[2016]1137); Qiannan Science and Technology Foundation(QNKHSZ [2016]-2); Foundation of Qiannan Medical College for Nationalities(QNYZ-201602, QNYZ-201801)]。 |
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| 摘 要： | 该研究以新鲜阴地蕨全株为材料,用Illumina HiSeq 2500平台进行全转录组测序,干净序列经组装后得单一基因(Unigene),将Unigene在非冗余蛋白/核酸数据库(nonredundant protein database,NR)、核酸序列数据库(nucleotide sequence database,NT)、基因本体论数据库(gene ontology,GO)、蛋白质真核同源数据库(clusters of eukaryotic orthologous groups,COG)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)、蛋白质序列数据库SwissProt和Interpro进行生物信息学分析。结果表明:共获得干净序列6.67 Gb,组装后得到58 646个Unigene,平均长度为1 023 bp,Unigene在上述数据库的总体注释率为69.25%。其中,在GO数据库中,20 762个基因被注释到生物功能、细胞组分和分子功能3个本体的52个功能组,COG注释了20 633个基因并将其划分为25个...
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| 关 键 词： | 阴地蕨 转录组 植物激素 信号转导 基因筛选 |
| 收稿时间： | 2019-11-22 |
Global transcriptome analysis of Botrychium ternatum and screening of its plant hormone signal transduction related genes |
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| ZHAND Linsu,HAN Zhongyao,WANG Chuanming,DENG Xiankuo. Global transcriptome analysis of Botrychium ternatum and screening of its plant hormone signal transduction related genes[J]. Guihaia, 2020, 40(4): 536-545 |
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| Authors: | ZHAND Linsu HAN Zhongyao WANG Chuanming DENG Xiankuo |
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| Affiliation: | Department of Pharmacy, Qiannan Medical College for Nationalities,Duyun 558000, Guizhou, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | |
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