| 鲨烯合酶基因的密码子偏性分析 |
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| 引用本文： | 何闪,张淑杰,修乐山,邢朝斌*.鲨烯合酶基因的密码子偏性分析[J].基因组学与应用生物学,2013,0(2):232-239. |
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| 作者姓名： | 何闪 张淑杰 修乐山 邢朝斌* |
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| 作者单位： | 河北联合大学生命科学学院,唐山, 063000 |
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| 摘 要： | 为了分析鲨烯合酶(squalene synthase, SS)基因密码子的使用方式及其影响因素,利用codon W和SPSS 16.0软件对47条来自不同物种的SS基因进行多元统计分析、对应性分析.SS基因密码子1~3位碱基的GC含量(GC1, GC2和GC3)依次为51.33%、34.65%和54.37%,3个位点的GC含量均呈极显著相关关系(p<0.01),对应性分析的结果表明,第1轴显示30.71%的差异,有效密码子数和GC3、GC1和GC2的均值与GC3之间的相关性均达极显著水平(p<0.01).筛选出的26个最优密码子的第3位碱基均为G或C.以MEGA 5.0构建的基于SS蛋白质序列的进化树比基于RSCU的聚类更符合传统的系统发育观点.SS基因密码子偏好以G/C结尾,使用模式受选择和突变影响,突变对密码子偏好影响较大.
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| 关 键 词： | 鲨烯合酶 密码子偏性 多元分析 聚类分析 |
Codon Usage Analysis in Squalene Synthase Gene |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Squalene synthase Codon usage bias Multivariate analysis Cluster analysis |
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