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| 柞蚕核型多角体病毒(AnpeNPV)三地理株的全基因组比较分析揭示其遗传多样性 | |
| 引用本文： | 何强,刘绍伦,马振刚,张有义,许金山,周泽扬.柞蚕核型多角体病毒(AnpeNPV)三地理株的全基因组比较分析揭示其遗传多样性[J].昆虫学报,2015,58(5). |
| 作者姓名： | 何强 刘绍伦 马振刚 张有义 许金山 周泽扬 |
| 作者单位： | 1. 重庆师范大学生命科学学院,重庆,400047 2. 东海大学生命科学系,台湾40704 3. Department of Environmental Science, Connecticut Agricultural Experiment Station, New Haven CT 06511, USA |
| 摘 要： | 目的]柞蚕核型多角体病毒(Antheraea pernyi nucleopolyhedroviruses,AnpeNPV)能引起柞蚕脓病大面积暴发.尽管之前已完成了两株核型多角体病毒的基因组测序,但基于比较基因组的方法调查AnpeNPV间的遗传变异研究则相对较少.方法]为了研究AnpeNPV不同地理株系间的遗传多样性,我们测序了1株从中国河南省分离的柞蚕NPV(AnpeNPV-H)基因组,并和之前从辽宁省分离的2株柞蚕NPV(AnpeNPV-L和AnpeNPV-Z)进行了比较基因组学分析.结果]AnpeNPV-H的全基因组大小为125 605 bp,总共预测了146个开放阅读框(ORF),包括95个功能注释蛋白和51个假定蛋白.我们发现这3株AnpeNPV间的基因组成非常相似.在这3个AnpeNPV株系间,有6个开放阅读框存在碱基变异而导致基因的变短.并鉴定超过200个单核苷酸多态性(single nucleotide variations,SNVs),其中85％位于蛋白编码区.同时,odv-e56,p94-like和egt3个基因的非同义突变较高,表明这3个蛋白质编码基因可能经历了正向选择或纯化选择.我们发现在这3株AnpeNPV间一些基因的氨基酸发生变异,例如编码膜蛋白的基因、抑制凋亡和蜕皮的基因及与DNA复制相关的DNA聚合酶和解旋酶等基因.最后,展示了3株AnpeNPV间遗传重组的证据.结论]本研究揭示了AnpeNPV种内水平的变异和株系内基因组的动态结构. |
| 关 键 词： | 柞蚕 杆状病毒 基因组 单核苷酸多态性 遗传多样性 进化 |
Comparative genomics of three geographical strains reveals genetic diversity in Antheraea pernyi nucleopolyhedrovirus (AnpeNPV) |
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| HE Qiang,LIU Shao-Lun,MA Zheng-Gang,ZHANG You-Yi,Charles R.VOSSBRINCK,XU Jin-Shan,ZHOU Ze-Yang.Comparative genomics of three geographical strains reveals genetic diversity in Antheraea pernyi nucleopolyhedrovirus (AnpeNPV)[J].Acta Entomologica Sinica,2015,58(5). | |
| Authors: | HE Qiang LIU Shao-Lun MA Zheng-Gang ZHANG You-Yi Charles RVOSSBRINCK XU Jin-Shan ZHOU Ze-Yang |
| Abstract: | |
| Keywords: | Antheraea pernyi baculovirus genome single nucleotide variations (SNVs) genetic diversity evolution |