| 果蝇非经典剪接位点的生物信息学预测 |
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| 引用本文： | 冯桂海,何涛,汪莉,王玉民.果蝇非经典剪接位点的生物信息学预测[J].生物技术通讯,2010,21(6):762-766. |
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| 作者姓名： | 冯桂海 何涛 汪莉 王玉民 |
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| 作者单位： | 军事医学科学院,生物工程研究所,北京,100071 |
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| 基金项目： | 国家高技术研究发展计划项目，国家自然科学基金，国家科技重大新药创制专项项目 |
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| 摘 要： | 目的:计算识别果蝇中新的非经典剪接位点,以探索未知的剪接机制。方法:基于黑腹果蝇表达序列标签(EST)与其基因组序列比对数据重构基因结构,从中发现非经典的剪接位点,并采用Weblogo软件分析非经典剪接位点上下游序列,以期发现剪接相关的特异性元件。结果:共得到265个非经典的剪接位点,这些剪接位点落在195个蛋白编码基因上。结论:应用生物信息学方法在果蝇中发现了上百个非经典剪接位点,为研究非经典剪接机制奠定了基础。
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| 关 键 词： | 非经典剪接位点 黑腹果蝇 序列比对 模体 剪接机制 |
Bioinformatics Prediction of Non-Canonical Splice Sites in Drosophila melanogaster |
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| FENG Gui-Hai,HE Tao,WANG Li,WANG Yu-Min.Bioinformatics Prediction of Non-Canonical Splice Sites in Drosophila melanogaster[J].Letters in Biotechnology,2010,21(6):762-766. |
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| Authors: | FENG Gui-Hai HE Tao WANG Li WANG Yu-Min |
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| Institution: | Beijing Institute of Biotechnology,Beijing 100071,China |
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| Abstract: | Objective： To analyze and predict non-canonical splice sites in Drosophila melanogaster,and to explore unknown splicing mechanisms.Methods： Based on the alignments between the genome sequences and ESTs,we predicted the gene structure and identified the non-canonical splice sites,and then analyzed the possible motifs in splicing process using Weblogo.Results： A total of 265 non-canonical splice sites were mapped to the fly genome,which fall on 195 protein-coding genes.Conclusion： The research discovered hundreds of non-canonical splice sites and laid the foundation for new mechanism of splicing. |
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| Keywords: | non-canonical splice sites Drosophila melanogaster sequence alignment motif splicing mechanism |
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