| 从真菌全基因组中筛选丛赤壳科的DNA条形码 |
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| 作者姓名： | 曾昭清 赵鹏 罗晶 庄文颖 余知和 |
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| 作者单位： | 中国科学院微生物研究所, 真菌学国家重点实验室, 北京 100101;
中国科学院研究生院, 北京 100049;
长江大学生命科学学院, 荆州 434025 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(批准号: 31070015)、科技部科技基础工作专项工程(批准号: 2006FY120100)和中国科学院知识创新工程(批准号:KSCX2-EW-J-6)资助项目 |
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| 摘 要： | 将粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)的注释基因分别与30 种丝状子囊菌基因组比较, 根据E值大小预测同源序列, 从中选择Hsp90, AAC, CDC48和EF3作为候选基因, 以丛赤壳科(Nectriaceae)13 个属34 个概念清晰的种为材料, 对215个序列片段采用不同方法进行分析, 筛选适合于该科的DNA 条形码. 将种内与种间序列差异以及序列获得的难易程度作为评价指标. 结果表明,Hsp90 和AAC基因虽然具有较高的 PCR 扩增与测序成功率, 但种内、种间距离频率分布存在重叠, 可能导致部分种的鉴定错误;CDC48基因可以恰当地区分种内与种间差异, 但扩增与测序成功率相对较低; EF3基因不存在种内、种间遗传距离重叠, 序列容易获得, 适合作为该科真菌的DNA 条形码.
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| 关 键 词： | E值 同源基因序列 PCR 扩增与测序成功率 序列分析 |
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