| 用生物信息学方法寻找肝癌特异性表达基因转录调控模式 |
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| 引用本文： | 王士雷,黄 波,周 云,孙之荣.用生物信息学方法寻找肝癌特异性表达基因转录调控模式[J].生物化学与生物物理进展,2006,33(3):254-261. |
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| 作者姓名： | 王士雷 黄 波 周 云 孙之荣 |
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| 作者单位： | 清华大学生物信息与系统生物学研究所,教育部生物信息学重点实验室,生物膜和膜生物技术国家重点实验室,北京,100084 |
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| 基金项目： | 中国科学院资助项目;国家科技攻关项目;科技部科研项目 |
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| 摘 要： | 为了对肝癌(hepatocellularcarcinoma,HCC)的分子发病机理进行研究,首先对肝癌基因表达谱数据用t-检验算法进行了分析,找到了肝癌中特异性表达基因(characteristicgenes).然后把这些基因结合已知的肝HNF家族转录因子染色质免疫共沉淀结合DNA启动子芯片(ChIP-chip)实验数据用SAEM算法进行分析,得到了肝癌特异性表达基因的转录调控关系,并寻找到了多个HNF家族转录因子调控单基因的转录调控模式.结果表明HNF家族转录因子对大量具有重要功能的肝癌特异性表达基因进行了转录调控,并且多个HNF家族转录因子调控单基因可以形成前馈环和多输入调控等模式.
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| 关 键 词： | 转录因子 转录调控 基因表达谱 ChIP-chip实验 模式 |
| 收稿时间： | 2005-09-28 |
| 修稿时间： | 2005-09-282005-11-29 |
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