| PCR反应条件对16S rRNA基因扩增子测序准确性的影响 |
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| 引用本文： | 赵枫,史亚,王莹,梁倩,陈欢,李樱红,窦晓兵,何陆平. PCR反应条件对16S rRNA基因扩增子测序准确性的影响[J]. 微生物学通报, 2022, 49(7): 2527-2537 |
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| 作者姓名： | 赵枫 史亚 王莹 梁倩 陈欢 李樱红 窦晓兵 何陆平 |
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| 作者单位： | 浙江中医药大学生命科学学院, 浙江 杭州 310053;杭州微数生物科技有限公司, 浙江 杭州 311215;浙江省食品药品检验研究院 国家药品监督管理局药品微生物检测与预警重点实验室, 浙江 杭州 310052 |
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| 基金项目： | 中国科技部科技基础资源调查专项(2021FY100901) |
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| 摘 要： | 【背景】16S rRNA基因扩增子测序技术是一种不依赖培养而获得样本中细菌种群结构、相对丰度等信息的方法。高通量测序技术实验步骤较多,每一步骤细微的差别都可能在最终的测序结果中放大,并造成测序结果与实际情况的偏差。【目的】基于MiSeq测序平台,探讨PCR反应体系中扩增引物序列、退火温度、模板起始量、扩增循环数和变性时间等5个因素对16S rRNA基因测序结果的影响。【方法】对mock DNA的16S rRNA基因扩增子进行测序,分别分析不同的扩增引物、退火温度、模板起始量、循环数和变性时间对数据准确性的影响。【结果】不同的扩增引物对检测结果有较大的影响,采用的4组引物中,引物B (V3–V4,341F/806R)的准确性最好,引物A(V3–V4,341F/805R)次之。比较不同退火温度(52、55和60℃)对检测准确性的影响,退火温度60℃的结果最接近理论值。模板起始量(2、10和50 ng)的检测结果显示,mock DNA起始量为2ng的结果准确性最高。相较于其他3组(15+18、25+8和30+8),循环数为(20+8)的检测结果最接近mock DNA的理论值。不同变性时间(3...
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| 关 键 词： | 16S rRNA基因 反应条件 靶向测序 |
| 收稿时间： | 2021-10-15 |
Effect of PCR conditions on the accuracy of 16S rRNA gene amplicon sequencing |
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| ZHAO Feng,SHI Y,WANG Ying,LIANG Qian,CHEN Huan,LI Yinghong,DOU Xiaobing,HE Luping. Effect of PCR conditions on the accuracy of 16S rRNA gene amplicon sequencing[J]. Microbiology China, 2022, 49(7): 2527-2537 |
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| Authors: | ZHAO Feng SHI Y WANG Ying LIANG Qian CHEN Huan LI Yinghong DOU Xiaobing HE Luping |
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| Affiliation: | School of Life Sciences, Zhejiang Chinese Medical University, Hangzhou 310053, Zhejiang, China;Hangzhou Digital-Micro Biotech Limited Company, Hangzhou 311215, Zhejiang, China;NMPA Key Laboratory for Testing and Risk Warning of Pharmaceutical Microbiology, Zhejiang Institute for Food and Drug Control, Hangzhou 310052, Zhejiang, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | 16S rRNA gene reaction conditions targeted next-generation sequencing |
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