| 副干酪乳杆菌PC-01全基因组测序及不同副干酪乳杆菌菌株比较基因组学分析 |
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| 引用本文： | 吕瑞瑞,李伟程,康小红,张和平.副干酪乳杆菌PC-01全基因组测序及不同副干酪乳杆菌菌株比较基因组学分析[J].微生物学通报,2021,48(9):3025-3038. |
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| 作者姓名： | 吕瑞瑞 李伟程 康小红 张和平 |
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| 作者单位： | 内蒙古农业大学 乳品生物技术与工程教育部重点实验室 农业农村部奶制品加工重点实验室 内蒙古乳品生物技术与工程重点实验室 内蒙古 呼和浩特 010018;内蒙古蒙牛乳业(集团)股份有限公司 内蒙古 呼和浩特 011500 |
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| 基金项目： | 内蒙古自治区科技重大专项（zdzx2018018）；内蒙古自治区科技计划（201802063）；国家现代农业产业技术体系（CARS-36） |
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| 摘 要： | 【背景】副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)作为乳酸菌中重要菌种之一,常被认为是优良益生菌开发的潜在资源。【目的】以L.paracasei PC-01和L.paracasei Zhang为例,分析不同L.paracasei的基因组差异和遗传背景,为菌株的鉴定和开发奠定基础。【方法】采用PacBioSMRT三代测序技术对L.paracasei PC-01进行全基因组测序,结合2株L.paracasei模式菌株和公开的36株全基因组数据,通过比较基因组学方法揭示39株L.paracasei菌株之间的差异。【结果】L.paracasei PC-01基因组不包含质粒,染色体大小为2 829 251 bp,GC含量为46.64%;L.paracasei Zhang包含一个质粒基因组大小为2 898 456 bp,GC含量为46.51%;不同L.paracasei菌株基因组大小、质粒数及GC含量均存在一定差异。L.paracasei群体为开放式基因组,基因组具有高度多样性。基于核心基因构建系统发育树对于L.paracasei种内区分效果最好,L.paracasei PC-01和L.paracasei Zhang处于不同的进化分支。约占L.paracasei PC-01基因组长度91%的片段与L.paracasei Zhang基因组匹配率大于90%,L.paracasei PC-01注释到10个与转录调节鼠李糖代谢功能相关的特有基因,如agu A、clp B等;L.paracasei Zhang包含msh A、ltr A等特有基因,与糖基转移等功能相关。【结论】通过比较基因组学揭示L.paracasei PC-01和L.paracasei Zhang的遗传信息,解析了不同L.paracasei菌株之间的差异,为L.paracasei的鉴定和应用奠定了遗传学基础。
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| 关 键 词： | 副干酪乳杆菌 全基因组测序 基因组图谱 比较基因组学分析 |
| 收稿时间： | 2020/11/11 0:00:00 |
Whole genome sequencing of Lactobacillus paracasei PC-01 and comparative genomics analysis about Lactobacillus paracasei strains |
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| Institution: | Inner Mongolia Agricultural University, Key Laboratory of Dairy Biotechnology and Engineering, Ministry of Education;Key Laboratory of Dairy Products Processing, Ministry of Agriculture and Rural Affairs;Inner Mongolia Key Laboratory of Dairy Biotechnology and Engineering, Hohhot, Inner Mongolia 010018, China;Inner Mongolia Meng Niu Dairy Industry(Group) Company Limited, Hohhot, Inner Mongolia 011500, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Lactobacillus paracasei whole genome sequencing genome atlas comparative genomics analysis |
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