| 基于转录组解析淡玫红鹅膏环肽基因家族特征及其系统发育 |
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| 引用本文： | 占宁,王刚正,张成花,周小云,邓旺秋,李泰辉. 基于转录组解析淡玫红鹅膏环肽基因家族特征及其系统发育[J]. 微生物学通报, 2021, 48(12): 4799-4816 |
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| 作者姓名： | 占宁 王刚正 张成花 周小云 邓旺秋 李泰辉 |
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| 作者单位： | 湖南农业大学生物科学技术学院 湖南 长沙 410128;广东省科学院微生物研究所 华南应用微生物国家重点实验室 广东省菌种保藏与应用重点实验室 广东 广州 510070 |
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| 基金项目： | 广州市科技计划重点项目（201804020018）；国家自然科学基金（31970024）；广东省科技计划（2019B121202005，2018B030324001，2018B020205001） |
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| 摘 要： | 【背景】淡玫红鹅膏(Amanita pallidorosea)是鹅膏属檐托鹅膏组的一种剧毒鹅膏菌,其子实体内含有丰富的鹅膏环肽毒素,但其编码毒环肽和相关肽的基因家族"MSDIN"尚待深入研究。【目的】探究淡玫红鹅膏中编码毒环肽及相关肽的基因家族成员的多样性、保守性及其系统发育。【方法】采用Illumina HiSeq2000平台对淡玫红鹅膏转录组进行测序,使用TBLASTn软件对MSDIN基因家族进行检索,并设计特异性引物进行PCR验证,通过生物信息学比对分析MSDIN基因家族成员的种类和序列构成,通过重建分子系统发育树了解其演化历程。【结果】通过对MSDIN基因家族的查找,从转录组数据获得了60条环肽编码基因,经PCR验证其可编码32条环肽,包括α-鹅膏毒肽、β-鹅膏毒肽和羧基二羟鬼笔毒肽。本研究报道了8条新环肽。分子系统发育树分析显示,鹅膏环肽分为鹅膏毒肽、鬼笔毒肽和未知功能环肽3大支。系统发育结合保守序列推测出7条潜在的新毒肽。【结论】淡玫红鹅膏具有丰富的鹅膏环肽资源,利用转录组测序能够系统挖掘鹅膏环肽新资源,为其整体结构解析奠定基础。
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| 关 键 词： | 鹅膏属 剧毒蘑菇 毒肽基因 保守序列 系统发育分析 |
| 收稿时间： | 2021-03-03 |
Characteristics and phylogeny of the cyclic peptide gene family in Amanita pallidorosea: based on transcriptome analysis |
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| ZHAN Ning,WANG Gangzheng,ZHANG Chenghu,ZHOU Xiaoyun,DENG Wangqiu,LI Taihui. Characteristics and phylogeny of the cyclic peptide gene family in Amanita pallidorosea: based on transcriptome analysis[J]. Microbiology China, 2021, 48(12): 4799-4816 |
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| Authors: | ZHAN Ning WANG Gangzheng ZHANG Chenghu ZHOU Xiaoyun DENG Wangqiu LI Taihui |
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| Affiliation: | College of Bioscience and Biotechnology, Hunan Agricultural University, Changsha, Hunan 410128, China;Guangdong Provincial Key Laboratory of Microbial Culture Collection and Application;State Key Laboratory of Applied Microbiology Southern China;Institute of Microbiology, Guangdong Academy of Sciences, Guangzhou, Guangdong 510070, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Amanita poisonous mushroom toxic peptide gene conserved sequence phylogenetic analysis |
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