三阴性乳腺癌相关miRNA筛选及其靶基因的生物信息学分析 |
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作者姓名: | 胡鑫 麻慧慈 韩明盛 原晓红 杨鸣宇 马艳琴 |
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作者单位: | 山西农业大学生命科学学院,山西 晋中 030801 |
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基金项目: | 山西省自然科学基金项目(201901D111232);山西省研究生教育创新项目(2020SY197) |
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摘 要: | 应用生物信息学方法筛选并分析三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)相关miRNA及其靶基因,为TNBC的研究提供潜在的分子靶点。采用GEO2R分析TNBC相关miRNA芯片数据集,筛选差异表达倍数最大的5个上调和5个下调miRNA。miRWalk、TargetScan和miRDB预测靶基因并进行Veen分析取交集。利用DAVID对靶基因进行GO富集分析和KEGG通路分析。利用STRING数据库构建蛋白互作网络,并结合Cytoscape构建miRNA-靶基因调控网络,从而筛选出关键的miRNA及其关键靶基因。利用GEPIA2数据库对靶基因进行生存分析。GEO2R筛选出486个差异miRNA,上调和下调的miRNA分别有298个和188个。对差异倍数最大的5个上调和5个下调miRNA的靶基因进行富集分析显示,靶基因主要参与ErbB信号通路、癌症中转录调控紊乱和cGMP-PKG信号通路等。miRNA-靶基因调控网络显示,表达上调的关键miRNA为miR-611,其关键靶基因为CDC27、UBE2D2、UBR1、SPSB1、HERC2和RLIM;表达下调的关键miRNA为miR-1205,其关键靶基因为WSB1、FBXL8、UBE2W、PTPN11、ARF6、DNAJC6和COPS2。生存分析表明,UBR1(P=0.007 2)和PTPN11(P=0.029)表达上调可显著降低TNBC患者的整体生存率。经筛选获得的关键miRNA及其关键靶基因可作为潜在分子标记物用于TNBC的早期诊断、治疗靶点选择和预后判断,并为后续的研究提供参考依据。
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关 键 词: | 三阴性乳腺癌 GEO数据库 微小RNA 靶基因 |
收稿时间: | 2021-10-29 |
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