| 基于比较转录组分析海洋弧菌X511的褐藻胶代谢途径 |
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| 引用本文： | 许超,熊亚茹,黄桂媛,王巧贞,卢明倩,张荣灿,廖威,张云开,黄庶识. 基于比较转录组分析海洋弧菌X511的褐藻胶代谢途径[J]. 微生物学报, 2018, 58(9): 1551-1562 |
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| 作者姓名： | 许超 熊亚茹 黄桂媛 王巧贞 卢明倩 张荣灿 廖威 张云开 黄庶识 |
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| 作者单位： | 广西科学院广西海洋天然产物与组合生物合成重点实验室;广西大学生命科学与技术学院;广西北部湾海洋研究中心;广西职业技术学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（31560017）；广西自然科学基金重点项目（2014GXNSFDA118012）；广西科技计划重点研发项目（桂科AB16380071）；广西科技计划科技基地和人才专项（桂科AD17129019） |
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| 摘 要： | 【目的】从北海涠洲岛海域腐烂的马尾藻中分离得到的海洋弧菌(Vibrio X511)具有较强的利用褐藻胶能力,本文利用转录组测序的方法以研究弧菌X511的褐藻胶代谢途径。【方法】采用Illumina Hi Seq2500测序平台对菌株在褐藻胶及葡萄糖培养下的转录组进行测序;比较和分析差异转录本,利用荧光定量PCR验证测序结果;采用GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)对差异转录本进行功能和Pathway注释。【结果】经比较发现,菌株在褐藻胶培养下相对于葡萄糖的培养共有2024个差异表达基因,其中1066个基因上调,958个基因下调;某些普遍存在于代谢途径中的基因在不同培养条件下也存在差异表达;海洋弧菌X511中涉及褐藻胶利用的所有基因以及合成乙醇的关键基因其转录量均有一定程度的上调;此外,通过分析发现该菌株具有独特的褐藻胶利用方式,其中的一个代谢过程尚未在弧菌中被报道。【结论】成功解析了海洋弧菌X511的褐藻胶代谢途径,丰富了生物方法降解褐藻胶的研究,为大型海藻生物质能源的研究提供有价值的数据支持。
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| 关 键 词： | 转录组 荧光定量 基因功能 褐藻胶 代谢途径 |
| 收稿时间： | 2017-10-25 |
| 修稿时间： | 2017-12-25 |
Analysis of the alginate metabolic pathways in the marine Vibrio X511 based on comparative transcriptome |
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| Chao Xu,Yaru Xiong,Guiyuan Huang,Qiaozhen Wang,Mingqian Lu,Rongcan Zhang,Wei Liao,Yunkai Zhang and Shushi Huang. Analysis of the alginate metabolic pathways in the marine Vibrio X511 based on comparative transcriptome[J]. Acta microbiologica Sinica, 2018, 58(9): 1551-1562 |
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| Authors: | Chao Xu Yaru Xiong Guiyuan Huang Qiaozhen Wang Mingqian Lu Rongcan Zhang Wei Liao Yunkai Zhang Shushi Huang |
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| Affiliation: | Guangxi Key Laboratory of Marine Natural Products and Combinatorial Biosynthesis Chemistry, Guangxi Academy of Sciences, Nanning 530007, Guangxi Zhuang Autonomous Region, China;College of Life Science and Technology, Guangxi University, Nanning 530003, Guangxi Zhuang Autonomous Region, China,College of Life Science and Technology, Guangxi University, Nanning 530003, Guangxi Zhuang Autonomous Region, China,Guangxi Key Laboratory of Marine Natural Products and Combinatorial Biosynthesis Chemistry, Guangxi Academy of Sciences, Nanning 530007, Guangxi Zhuang Autonomous Region, China,Guangxi Key Laboratory of Marine Natural Products and Combinatorial Biosynthesis Chemistry, Guangxi Academy of Sciences, Nanning 530007, Guangxi Zhuang Autonomous Region, China,Guangxi Key Laboratory of Marine Natural Products and Combinatorial Biosynthesis Chemistry, Guangxi Academy of Sciences, Nanning 530007, Guangxi Zhuang Autonomous Region, China,Guangxi Beibu Gulf Marine Research Center, Nanning 530007, Guangxi Zhuang Autonomous Region, China,Guangxi Vocational and Technical College, Nanning 530226, Guangxi Zhuang Autonomous Region, China,College of Life Science and Technology, Guangxi University, Nanning 530003, Guangxi Zhuang Autonomous Region, China and Guangxi Key Laboratory of Marine Natural Products and Combinatorial Biosynthesis Chemistry, Guangxi Academy of Sciences, Nanning 530007, Guangxi Zhuang Autonomous Region, China |
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