| 环形RNA全长组装与定量工具的研究进展 |
| |
| 引用本文： | 谢宏文,吴静,宋晓峰. 环形RNA全长组装与定量工具的研究进展[J]. 生物信息学, 2022, 20(3): 155-162 |
| |
| 作者姓名： | 谢宏文 吴静 宋晓峰 |
| |
| 作者单位： | 南京航空航天大学 自动化学院,南京 211106;南京航空航天大学 自动化学院,南京 211106;南京医科大学 生物医学工程与信息学院,南京 211166 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(No.5,5). |
| |
| 摘 要： | 环形RNA是一种广泛存在于真核细胞的内源性RNA,由前体RNA反向剪接而成,不具有5’末端帽子和3’末端poly(A)尾巴,呈封闭环状结构。环形RNA通过miRNA海绵结合等方式参与基因表达调控等许多重要的生物学过程。环形RNA可以通过可变剪接产生不同的环形RNA转录本,因此获取环形RNA转录本内部全长序列信息以及对环形RNA内部可变剪接产物进行精确定量是揭示环形RNA调控功能的前提。生物信息学工具能够高效便捷的处理高通量测序数据,被普遍用来鉴别和分析环形RNA。本文介绍了环形RNA的产生机制以及功能特性,对环形RNA检测、全长序列组装以及定量相关计算工具进行综述。
|
| 关 键 词： | 环形RNA 生物信息学计算工具 可变剪接 高通量测序 |
| 收稿时间： | 2021-04-19 |
| 修稿时间： | 2021-05-25 |
Review on full-length assembly and quantification tools of circular RNA |
| |
| XIE Hongwen,WU Jing,SONG Xiaofeng. Review on full-length assembly and quantification tools of circular RNA[J]. Chinese Journal of Bioinformatics, 2022, 20(3): 155-162 |
| |
| Authors: | XIE Hongwen WU Jing SONG Xiaofeng |
| |
| Affiliation: | College of Automation Engineering, Nanjing University of Aeronautics and Astronautics, Nanjing 211106, China;College of Automation Engineering, Nanjing University of Aeronautics and Astronautics, Nanjing 211106, China;School of Biomedical Engineering and Informatics, Nanjing Medical University, Nanjing 211166, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | CircRNA Bioinformatics computational tools Alternative splicing High-throughput sequencing |
|
| 点击此处可从《生物信息学》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《生物信息学》下载免费的PDF全文 |
|
