光滑鳖甲肽聚糖识别蛋白的生物信息学分析 |
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引用本文: | 徐鑫,王鹏,刘忠渊.光滑鳖甲肽聚糖识别蛋白的生物信息学分析[J].生物技术,2015(2):133-137,164. |
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作者姓名: | 徐鑫 王鹏 刘忠渊 |
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作者单位: | 新疆大学生命科学与技术学院新疆生物资源基因工程重点实验室 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(“新疆荒漠甲虫光滑鳖甲免疫防御机制的初步研究”,No.31460578)资助 |
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摘 要: | 目的]预测光滑鳖甲肽聚糖识别蛋白的结构与功能。方法]采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、二级结构和亚细胞定位等方面进行预测和分析,同时构建其编码产物的系统进化树。结果]此蛋白的理论分子量为21.882 k D,包含一个由20个氨基酸组成的信号肽,属亲水蛋白,分泌到胞外发挥作用,可能具有信号转导和响应胁迫与免疫反应的功能,与赤拟谷盗的同源性最高,具有能够与肽聚糖结合的保守的PGRP结构域和一个Ⅱ型酰胺酶结构域。结论]光滑鳖甲肽聚糖识别蛋白Ap PGRP-FD1基因克隆成功,生物信息学分析及结合蛋白质结构与功能预测可为深入研究ApPGRP-FD1提供理论指导。
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关 键 词: | 光滑鳖甲 肽聚糖识别蛋白 生物信息学 |
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