| 内生菌KM-1-2全基因组ORFs信号肽和分泌蛋白预测及功能分析 |
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| 引用本文： | 吕伟强,刘聪,黄丽丽,颜霞.内生菌KM-1-2全基因组ORFs信号肽和分泌蛋白预测及功能分析[J].微生物学报,2017,57(3):411-421. |
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| 作者姓名： | 吕伟强 刘聪 黄丽丽 颜霞 |
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| 作者单位： | 西北农林科技大学生命科学学院，陕西杨凌712100;国家旱区作物逆境生物学国家重点实验室，陕西杨凌712100,西北农林科技大学生命科学学院，陕西杨凌712100;国家旱区作物逆境生物学国家重点实验室，陕西杨凌712100,国家旱区作物逆境生物学国家重点实验室，陕西杨凌712100;西北农林科技大学植物保护学院，陕西杨凌712100,西北农林科技大学生命科学学院，陕西杨凌712100;国家旱区作物逆境生物学国家重点实验室，陕西杨凌712100 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31101476，31171796)；陕西省科学技术研究发展计划(2013K01-45)；杨凌示范区科技计划(2014NY-41) |
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| 摘 要： | 【目的】内生菌普遍存在于植物中,与宿主在长期的进化中形成了互利共生的关系。目前对内生菌和植物之间的互作机制研究较少,为深入了解银杏叶内生菌KM-1-2与寄主植物作用机制,本研究对其分泌蛋白进行预测,并明确其特征。【方法】组合使用信号肽分析软件Signal P,跨膜螺旋结构分析软件TMHMM 2.0和Phobius,蛋白质细胞定位软件PSORT,亚细胞定位软件Target P和GPI锚定位点分析软件big-PI Predictor,预测KM-1-2基因组范围内所有分泌蛋白,定义为分泌组。【结果】KM-1-2全基因组5299条蛋白序列中发现271个具有典型信号肽的分泌蛋白,占全基因组的2.4%;编码这些蛋白的ORF最短为61 bp,最大为2105 bp,平均为373 bp;引导它们的信号肽长度分布在15–37 aa之间,平均为24 aa。信号肽中出现频率最高的氨基酸依次为丙氨酸、亮氨酸和缬氨酸,信号肽切割类型多属于A-X-A型,即SPI切割类型。共66个蛋白质有功能描述,其中包括26个酶类。这些酶主要包括各种糖苷水解酶、酯酶、蛋白酶、碳氧裂解酶等。【结论】通过上述生物信息学分析方法有效实现了银杏叶内生菌KM-1-2分泌蛋白的预测,这些分泌蛋白功能涉及较多的酶类以及其他未知功能,为进一步研究内生菌和植物的互作提供了基础。
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| 关 键 词： | 关键词：内生菌，全基因组，分泌蛋白预测，信号肽 |
| 收稿时间： | 2016/8/3 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2016/9/28 0:00:00 |
Genome-wide prediction and analysis of the secretory proteins and ORFs signal peptide of ginkgo endophyte KM-1-2 |
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| Weiqiang L&#;,Cong Liu,Lili Huang and Xia Yan.Genome-wide prediction and analysis of the secretory proteins and ORFs signal peptide of ginkgo endophyte KM-1-2[J].Acta Microbiologica Sinica,2017,57(3):411-421. |
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| Authors: | Weiqiang L&#; Cong Liu Lili Huang and Xia Yan |
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| Institution: | College of Life Sciences, Northwest A&F University, Yangling 712100, Shaanxi Province, China;State Key Laboratory of Crop Stress Biology for Arid Areas, Yangling 712100, Shaanxi Province, China,College of Life Sciences, Northwest A&F University, Yangling 712100, Shaanxi Province, China;State Key Laboratory of Crop Stress Biology for Arid Areas, Yangling 712100, Shaanxi Province, China,State Key Laboratory of Crop Stress Biology for Arid Areas, Yangling 712100, Shaanxi Province, China;College of Plant Protection, Northwest A&F University, Yangling 712100, Shaanxi Province, China and College of Life Sciences, Northwest A&F University, Yangling 712100, Shaanxi Province, China;State Key Laboratory of Crop Stress Biology for Arid Areas, Yangling 712100, Shaanxi Province, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Keywords: endophyte whole-genome secretory protein signal peptide |
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