| 拟南芥与水稻之间简单重复序列的比较分析 |
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| 引用本文： | 李璨,韩斌. 拟南芥与水稻之间简单重复序列的比较分析[J]. 植物学报(英文版), 2004, 46(5) |
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| 作者姓名： | 李璨 韩斌 |
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| 作者单位： | 李璨 (中国科学院国家基因研究中心,上海,200233) ； 韩斌 (中国科学院国家基因研究中心,上海,200233) ； |
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| 摘 要： | 利用Peri,C 语言编写了鉴定和分析简单重复序列的一系列程序,在全基因组水平上分析了拟南芥(Arabidopsisthaliana L.)简单重复序列的分布及简单重复序列和基因的关系.共发现5 652个简单重复序列(≥20bp),大约每20.6kb有1个简单重复序列.拟南芥各染色体之间简单重复序列的密度基本一致.拟南芥的27 480条编码序列中,只有677条编码序列含有725个简单重复序列,其中的3碱基简单重复序列多数对应的是小的亲水性的氨基酸.在拟南芥和水稻(Oryza sativa L.)第4号染色体的高度保守的基因中,简单重复序列却并不保守.通过比较拟南芥和水稻之间简单重复序列的差异,推论出:水稻的全基因组和基因中简单重复序列的密度都比拟南芥大,这可能是水稻基因组序列比拟南芥大的原因之一,水稻基因组中0.21%来自简单重复序列,而拟南芥中只有0.13%;不但不同物种的基因组对简单重复序列的偏好性不同,而且不同物种的基因对简单重复序列的偏好性也不同.在水稻和拟南芥中部发现了一些嵌套性的卫星序列.
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| 关 键 词： | 拟南芥 水稻 简单重复序列 基因组 |
Diversity of Simple Sequence Repeats in Arabidopsis thaliana and Rice |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Arabidopsis thaliana,rice SSRs microsatellite genome |
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