| 基于高通量测序的玉米象转录组分析 |
| |
| 引用本文： | 李媛媛,赵金红. 基于高通量测序的玉米象转录组分析[J]. 环境昆虫学报, 2021, 43(6): 1485-1492. DOI: 10.3969/j.issn.1674-0858.2021.06.17 |
| |
| 作者姓名： | 李媛媛 赵金红 |
| |
| 作者单位： | 皖南医学院医学寄生虫学教研室,安徽芜湖241002 |
| |
| 基金项目： | 安徽省自然科学基金面上项目（1608085MC77） |
| |
| 摘 要： | 玉米象Sitophilus zeamais是一种世界性的储粮害虫,但其基因信息尚不完善.本研究利用高通量测序平台Illumina HiSeq TM2000对玉米象成虫进行转录组测序,总计获得64358条unigenes,总长度39481752 bp,最短201 bp,最长29046 bp,平均长度613 bp.将unigenes序列在7大数据库Nr、GO、Swissprot、KOG、Pfam、KEGG、TrEMBL中进行注释,分别有25271、20747、16477、12060、9471、3370、25500条unigenes获得注释.通过GO功能分类,共有20747条unigenes在GO数据库中生物学过程、细胞组分、分子功能3大类68个亚类功能组中找到对应.KOG结果显示,12606条unigenes归到25个基因家族.通过KEGG代谢通路分析,共有3370条unigenes被注释,分别归属于细胞进程、环境信息进程、遗传信息进程、新陈代谢和有机体系统5大类代谢途径,共33个亚类274个功能通路.进一步的数据分析,共鉴定出146081个SNP位点和5002个简单序列重复(SSR)位点.本研究获得的玉米象转录组信息,为玉米象的功能基因挖掘提供了重要的信息资源.
|
| 关 键 词： | 玉米象 高通量测序 转录组 基因注释 |
Transcriptome analysis of Sitophilus zeamais by RNA-Seq |
| |
| LI Yuan-Yuan,ZHAO Jin-Hong. Transcriptome analysis of Sitophilus zeamais by RNA-Seq[J]. Journal of Environmental Entomology, 2021, 43(6): 1485-1492. DOI: 10.3969/j.issn.1674-0858.2021.06.17 |
| |
| Authors: | LI Yuan-Yuan ZHAO Jin-Hong |
| |
| Affiliation: | Department of Parasitology, Wannan Medical Colleg, Wuhu 241002, Anhui Province, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
| 本文献已被 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《环境昆虫学报》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《环境昆虫学报》下载免费的PDF全文 |
|
