| 基于转录组数据的桔小实蝇微卫星位点信息分析 |
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| 引用本文： | 魏丹丹,石俊霞,张夏瑄,陈世春,魏冬,王进军.基于转录组数据的桔小实蝇微卫星位点信息分析[J].应用生态学报,2014,25(6):1799. |
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| 作者姓名： | 魏丹丹 石俊霞 张夏瑄 陈世春 魏冬 王进军 |
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| 作者单位： | (西南大学植物保护学院昆虫学及害虫控制工程重庆市重点实验室, 重庆 400716) |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(31171851,31301667);中央高校基本科研业务费专项资金项目(XDJK2013C051);西南大学博士基金项目(SWU112046)资助 |
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| 摘 要： | 以桔小实蝇为材料,从其转录组数据库中筛选功能微卫星(EST-SSR)序列,并进行SSR位点的信息分析.共获得1890个EST-SSR位点,可用于引物设计的SSR数为1296个.EST-SSR平均分布频率为1/10.21 kb,但这种分布频率在不同重复类型SSR之间相差很大.其中,三碱基重复SSR在该种昆虫的EST-SSR中出现的频率最高,结合其他文献推断三碱基重复可能是所有昆虫EST-SSR的优势类型.本文共设计了42对桔小实蝇EST-SSR引物,其中有18对引物可以扩增得到预期大小的条带.最后,探讨了基于转录组数据发掘昆虫SSR的前景和挑战，以及进行转录组EST-SSR筛选时应注意的问题.
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| 关 键 词： | 微卫星 转录组 高通量测序 分子标记 实蝇 |
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