| 降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性分析 |
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| 引用本文： | 原晓龙,李云琴,张劲峰,王毅.降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性分析[J].广西植物,2021,41(4):622-630. |
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| 作者姓名： | 原晓龙 李云琴 张劲峰 王毅 |
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| 作者单位： | 云南省林业和草原科学院,云南省森林植物培育与开发利用重点实验室,国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室,昆明 650201 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31860177);云南省林业科学院热带亚热带珍贵用材树种研发省创新团队(2017HC024)[SupportedbytheNationalNaturalScienceFoundationofChina(31860177);ProvincialInnovationGroupofR&DofPreciousTropicalandSubtropicalTimberSpeciesinYunnanAcademyofForestry(2017HC024)]。 |
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| 摘 要： | 为了解降香黄檀叶绿体基因组密码子使用模式,该文利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对降香黄檀叶绿体基因组中的52条基因编码序列密码子进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:降香黄檀叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依次为GC1(46.01%)GC2(38.98%)GC3(27.80%)。有效密码子数(ENC)范围为37.66～54.43,及ENC值45的有37个; RSCU1的密码子有29个,其中16个以U结尾、12个以A结尾。这些说明其偏好以A和U结尾,且偏性较弱。中性绘图分析显示GC12与GC3的相关系数为0.250,相关性不显著,回归系数为0.394; ENC-plot分析显示ENC比值位于-0.05～0.05区间外的基因有38个; PR2-plot分析说明在碱基的使用频率方面,UA、GC,说明降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性主要受选择的影响; 19个密码子被确定为最优密码子。该研究为降香黄檀叶绿体基因工程、遗传多样性分析等研究提供了科学参考依据。
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| 关 键 词： | 降香黄檀 叶绿体基因组 密码子偏好性 选择 |
| 收稿时间： | 2019/9/10 0:00:00 |
Analysis of codon usage bias in the chloroplast
genome of Dalbergia odorifera |
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| YUAN Xiaolong,LI Yunqin,ZHANG Jinfeng,WANG Yi.Analysis of codon usage bias in the chloroplast
genome of Dalbergia odorifera[J].Guihaia,2021,41(4):622-630. |
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| Authors: | YUAN Xiaolong LI Yunqin ZHANG Jinfeng WANG Yi |
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| Institution: | YunnanKeyLaboratoryofForestryPlantCultivationandUtilization,StateForestryandGrasslandAdministrationKeyLaboratoryofYunnan
RareandEndangeredSpeciesConservationandPropagation,YunnanAcademyofForestryandGrassland,Kunming650201,China |
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| Abstract: | TocomprehendthecodonusagepatternofchloroplastgenomeinDalbergiaodorifera,the52codingDNAsequenceswereanalyzedtoobtaintotheresultsofneutralityplot,ENC-plotandPR2-plotanalysisusingCodonW1.4.2andonlinesoftwareCUSPinthepresentstudy.Theresultswereasfollows:TheGCcontentinthethreepositionsofcodonsfromthechloroplastgenomeofD.odoriferawasGC1(46.01%)>GC2(38.98%)>GC3(27.80%)successively.Therangeofeffectivenumbercodonwasfrom37.66to54.43,andtherewere37geneswhenENCvaluewasgreaterthan45,andtherewere29geneswhenRSCUvaluewasgreaterthan1,including16genesendingwithUand12genesendingwithA.ThesesuggestthatthecodonspreferendswithAandU,andhaveaweakbias.TheneutralityplotshowedthattherewasnosignificantcorrelationbetweenGC3andGC12,thecorrelationcoefficientwas0.250,andtheregressioncoefficientwas0.394;ENC-plotanalysisrevealedthattherewere38geneswhichENCratiolocatedbeyondthesectionfrom-0.05to0.05;PR2-plotanalysisshowedthatU>AandG>Cinthebaseusagefrequency.TheseallillustratedthatthecodonusagebiasinthechloroplastgenomeofD.odoriferawasmainlyaffectedbymutation;19codonswereidentifiedastheoptimalcodon.ThepresentstudycouldbeusefulinthechloroplastgeneticengineeringandgeneticdiversityanalysisofD.odorifera. |
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| Keywords: | Dalbergiaodorifera chloroplastgenome codonusagebias selection |
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