| 以Ca-Ca距离为基础的构象空间的可视化研究 |
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| 引用本文： | 张世华 章祥荪. 以Ca-Ca距离为基础的构象空间的可视化研究[J]. 生物信息学, 2006, 4(4): 153-156 |
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| 作者姓名： | 张世华 章祥荪 |
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| 作者单位： | [1]中国科学院数学与系统科学研究院生物信息中心,北京100080 [2]中国科学院研究生院,北京100049 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目,基金号10471141 |
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| 摘 要： | 蛋白质结构构象呈现明显的规律，研究其在特定构象空间的分布对蛋白质结构预测和模拟具有重要意义。本文以449个非冗余的高分辨串蛋白质结构为材料，以Ga-Ga距离向量代表蛋白质片段。然后利用主成分分析方法，建立蛋白质片段构象空间的可视化构图，并且单个蛋白质分子可以映射到该空间形成一个顺序连接的路径。从而，可以很直观的分析各长度片段（4-9个残基的片段）的分布情况及其内在的连接关系。图形显示了明显的聚集性，以及各种类型片段与二级结构明显的对应关系。
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| 关 键 词： | 结构生物信息学 构象空间 主成分分析 |
| 文章编号： | 1672-5565（2006）-04-153-04 |
| 收稿时间： | 2005-12-27 |
| 修稿时间： | 2006-03-28 |
Visualization of conformational space based on Ca - Ca distance |
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| ZHANG Shihua , ZHANG Xiang - sun. Visualization of conformational space based on Ca - Ca distance[J]. Chinese Journal of Bioinformatics, 2006, 4(4): 153-156 |
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| Authors: | ZHANG Shihua ZHANG Xiang - sun |
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| Keywords: | Structure bioinformatics Conformational space Principal component analysis |
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