| 用支持向量机预测人类基因5’／3’选择性剪切位点 |
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| 引用本文： | 杨乌日吐,;李前忠,;刘利,;樊国梁.用支持向量机预测人类基因5’／3’选择性剪切位点[J].生物磁学,2007(5):790-792. |
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| 作者姓名： | 杨乌日吐 ;李前忠 ;刘利 ;樊国梁 |
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| 作者单位： | [1]内蒙古大学理工学院物理系,呼和浩特010021 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（30560039）;高等学校博士学科点专项科研基金和内蒙古自然科学基金的资助. |
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| 摘 要： | 选择性剪切是调解基因表达的重要机制.识别选择性剪切位点是后基因组时代的一个重要工作.本文从最新的EBI人类基因选择性剪切数据库中,选取5＇/3＇选择性剪切位点作为正集,选取在剪切位点附近的假剪切位点作为负集,并把所有的选择性剪切位点和假剪切位点随机分成训练集和测试集.本文选用的预测选择性剪切位点的方法是基于位置权重矩阵和离散增量的支持向量机方法.此方法仅基于训练集,以不同位点的单碱基概率和序列片断的三联体频数作为信息参数,利用位置权重矩阵和离散增量算法结合支持向量机,得到了选择性供体位点和受体位点的分类器,并用此分类器对测试集中的选择性供体位点和受体位点进行预测.对独立测试集中的选择性供体位点和选择性受体位点的预测成功率分别为88.74%和90.86%,特异性分别为85.62%和81.19%.本文预测选择性剪切位点的方法成功率高于其它选择性剪切位点预测方法预测成功率,此预测方法进一步提高了对选择性剪切位点的理论预测能力.
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| 关 键 词： | 选择性剪切 供体位点 受体位点 支持向量机 |
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