| 基于氨基酸约化和统计特征的蛋白质亚细胞定位预测 |
| |
| 引用本文： | 杨红,徐慧敏,严寿江,陈静,耿丽丽,姚玉华. 基于氨基酸约化和统计特征的蛋白质亚细胞定位预测[J]. 生物信息学, 2015, 13(2): 103-110 |
| |
| 作者姓名： | 杨红 徐慧敏 严寿江 陈静 耿丽丽 姚玉华 |
| |
| 作者单位： | 青岛滨海学院,青岛 266555 ;浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018 |
| |
| 基金项目： | 国家自然基金项目(61272312)资助。 |
| |
| 摘 要： | 蛋白质亚细胞定位预测对蛋白质的功能、相互作用及调控机制的研究具有重要意义。本文基于物化性质和结构性质对氨基酸的约化,描述序列局部和全局信息的"组成"、"转换"和"分布"特征,并利用氨基酸亲疏水性的数值统计特征,提出了一种新的蛋白质特征表示方法(NSBH)。分别使用三种分类器KNN、SVM及BP神经网络进行蛋白质亚细胞定位预测,比较了几种方法和特征融合方法的预测结果,显示融合特征表示及结合SVM分类器时能够达到更好的预测准确率。同时,还详细讨论了不同参数对实验结果的影响,具体的实验及比较结果显示了该方法的有效性。
|
| 关 键 词： | 蛋白质亚细胞定位 氨基酸物化性质 支持向量机 |
| 收稿时间： | 2015-01-19 |
| 修稿时间： | 2015-04-24 |
Protein subcellular localization prediction based on reduced representation of amino acid and statistical characteristic |
| |
| YANG Hong,XU Huimin,YAN Shoujiang,CHEN Jing,GENG Lili and YAO Yuhua. Protein subcellular localization prediction based on reduced representation of amino acid and statistical characteristic[J]. Chinese Journal of Bioinformatics, 2015, 13(2): 103-110 |
| |
| Authors: | YANG Hong XU Huimin YAN Shoujiang CHEN Jing GENG Lili YAO Yuhua |
| |
| Affiliation: | Qingdao Binhai University, Qingdao 266555, China ;College of Life Sciences, Zhejiang Sci-Tech University, Hangzhou 310018, China,College of Life Sciences, Zhejiang Sci-Tech University, Hangzhou 310018, China,College of Life Sciences, Zhejiang Sci-Tech University, Hangzhou 310018, China,College of Life Sciences, Zhejiang Sci-Tech University, Hangzhou 310018, China,College of Life Sciences, Zhejiang Sci-Tech University, Hangzhou 310018, China and College of Life Sciences, Zhejiang Sci-Tech University, Hangzhou 310018, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Subcellular localization Physicochemical properties Support vector machine (SVM) |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《生物信息学》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《生物信息学》下载免费的PDF全文 |
|
