| 基于宏基因组数据的菌株分析方法及其应用 |
| |
| 引用本文： | 谭宇翔,胡函,李陈浩,罗小舟,谭验,戴磊. 基于宏基因组数据的菌株分析方法及其应用[J]. 生物工程学报, 2020, 36(12): 2610-2621 |
| |
| 作者姓名： | 谭宇翔 胡函 李陈浩 罗小舟 谭验 戴磊 |
| |
| 作者单位： | 1 中国科学院深圳先进技术研究院 深圳合成生物学创新研究院 中国科学院定量工程生物学重点实验室，广东 深圳 518055;2 深圳未知君生物科技有限公司，广东 深圳 518000;3 新加坡基因组研究院，新加坡 138672 |
| |
| 基金项目： | 国家重点研发计划 (No. 2019YFA09006700)，国家自然科学基金 (No. 31971513) 资助。 |
| |
| 摘 要： | 菌株是微生物研究中最基础的生命实体,其功能多样性对宿主表型有着重要影响。随着微生物组研究的深入,对复杂微生物群落进行菌株水平的构成分析和功能分析,在基础科研、临床应用等方面都有重要的价值。文中介绍了基于宏基因组数据的菌株分析的主流算法,以及菌株分析在微生物组研究中的潜在应用和未来的发展方向。
|
| 关 键 词： | 菌株 宏基因组 单核苷酸多态性 基因多样性 参考基因组 |
| 收稿时间： | 2020-06-24 |
Strain analysis based on metagenomic data-a review |
| |
| Yuxiang Tan,Han Hu,Chenhao Li,Xiaozhou Luo,Yan Tan,Lei Dai. Strain analysis based on metagenomic data-a review[J]. Chinese journal of biotechnology, 2020, 36(12): 2610-2621 |
| |
| Authors: | Yuxiang Tan Han Hu Chenhao Li Xiaozhou Luo Yan Tan Lei Dai |
| |
| Affiliation: | 1 CAS Key Laboratory of Quantitative Engineering Biology, Shenzhen Institute of Synthetic Biology, Shenzhen Institutes of Advanced Technology, Chinese Academy of Sciences, Shenzhen 518055, Guangdong, China;2 Shenzhen Xbiome Biotech Co., Ltd, Shenzhen 518000, Guangdong, China;3 Genome Institute of Singapore, Singapore 138672 |
| |
| Abstract: | Strain is the fundamental unit in microbial taxonomy. The functional diversity among strains has great influence on host phenotypes. With the development of microbiome research, knowing the composition and functional capacities of complex microbial communities at the strain level has become increasingly valuable in scientific research and clinical applications. This review introduces the principles of bioinformatics algorithms for strain analysis based on metagenomic data, the applications in microbiome research and directions of future development. |
| |
| Keywords: | strain metagenomic single nucleotide polymorphism gene diversity reference genome |
|
| 点击此处可从《生物工程学报》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《生物工程学报》下载全文 |
|
