| 桃WRKY基因家族全基因组鉴定和表达分析 |
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| 引用本文： | 谷彦冰,冀志蕊,迟福梅,乔壮,徐成楠,张俊祥,周宗山,董庆龙. 桃WRKY基因家族全基因组鉴定和表达分析[J]. 遗传, 2016, 38(3): 254-270. DOI: 10.16288/j.yczz.15-235 |
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| 作者姓名： | 谷彦冰 冀志蕊 迟福梅 乔壮 徐成楠 张俊祥 周宗山 董庆龙 |
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| 作者单位： | 中国农业科学院果树研究所,兴城 125100 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(编号:31401852)和农业部公益性行业项目(编号:201203034)资助 |
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| 摘 要： | WRKY转录因子是植物中最大的转录调控家族之一,在生物和非生物胁迫以及植物生长和发育过程中起着重要调控作用.本文利用HMMER 3.0软件,使用WRKY保守域全蛋白序列(Pfam数据库编号:PF03106)鉴定桃(Prunus persica L.)基因组中的WRKY基因;利用DNAMAN 5.0,WebLogo 3,MEGA5.1,MapInspect和MEME等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析.本文共鉴定得到61个桃WRKY基因.进化树分析结果显示,桃WRKY蛋白分为Ⅰ,Ⅱ和Ⅲ类型,类型Ⅰ分为Ⅰ-C亚组和Ⅰ-N亚组,类型Ⅱ分为Ⅱ-a,II-b,II-c,II-d和II-e亚组.WRKY结构域分析显示,WRKY结构域高度保守,绝大多数都含有WRKYGQK七肽和锌指结构.染色体定位分析显示,桃WRKY基因分布于8条染色体中,呈不均匀分布.内含子和外显子结构分析表明,WRKY基因结构进化高度保守.保守元件分析表明,桃WRKY基因家族包含5个保守元件,元件1,2和3为WRKY盒,元件4,5为未知盒.桃WRKY基因家族都包含有WRKY盒,类型Ⅰ中含有2个WRKY盒;II-d亚组中含有未知元件5.半定量和荧光定量PCR结果显示,16个WRKY基因均在桃的根,茎,叶,花和果中表达,但其相对表达水平不同.
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| 关 键 词： | 桃 WRKY 转录因子 基因家族 表达分析 |
| 收稿时间： | 2015-05-27 |
Genome-wide identification and expression analysis of the WRKY gene family in peach |
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| Affiliation: | Institute of Pomology, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Xingcheng 125100, China |
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