三种隐孢子虫钙依赖蛋白激酶的生物信息学分析 |
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引用本文: | 张学勇,简莹娜,马利青.三种隐孢子虫钙依赖蛋白激酶的生物信息学分析[J].生物信息学,2016,14(2):78-83. |
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作者姓名: | 张学勇 简莹娜 马利青 |
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作者单位: | 青海大学畜牧兽医科学院, 西宁 810016;青海省畜牧兽医科学院,西宁 810016,青海大学畜牧兽医科学院, 西宁 810016;青海省畜牧兽医科学院,西宁 810016,青海大学畜牧兽医科学院, 西宁 810016;青海省畜牧兽医科学院,西宁 810016 |
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基金项目: | 国家外专局“外专千人计划”专项基金项目(No.WQ20136300172)。 |
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摘 要: | 对三种隐孢子虫(C.parvum Iowa II、C.hominis TU502和C.muris RN66)钙依赖蛋白激酶(Calcium-dependent protein kinases,CDPKs)进行生物信息学分析,探索该蛋白的结构并预测其功能,为其基因功能的研究提供一定的理论基础。通过隐孢子虫基因组数据库收集数据,获得三种隐孢子虫CDPKs蛋白的序列信息,通过生物信息学软件进行分析,预测该蛋白的理化性质、翻译后修饰位点、功能域、亚细胞定位、二级结构、亲/疏水性、抗原表位等。隐孢子虫CDPKs的蛋白性质不稳定,理论分子量从59.76 k Da到76.63 k Da,p I值为5.33~6.09,CDPKs不具有跨膜区和信号肽,不是跨膜分泌性蛋白,都具有蛋白激酶C磷酸化位点、酪氨酸激酶Ⅱ磷酸化位点、酪氨酸激酶磷酸化位点、c AMP和c GMP依赖蛋白激酶磷酸化位点、N-端糖基化位点、N-端肉豆蔻酰化位点和EF-hand钙结合域,二级结构主要以α螺旋和无规卷曲为主;CDPKs主要存在虫体细胞内,均有20多个潜在的抗原表位。在隐孢子虫中,CDPKs蛋白不仅可单独发挥作用,而且还能通过相互结合发挥其生物学效应;同时,CDPKs有望成为候选疫苗及潜在药物靶点。
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关 键 词: | 隐孢子虫 钙依赖蛋白激酶 生物信息学 蛋白结构 功能预测 |
收稿时间: | 3/6/2016 12:00:00 AM |
修稿时间: | 2016/4/15 0:00:00 |
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