MHC DQA基因的分子进化研究——Ⅱ.基于核苷酸替换和SCU偏移的系统发育的分析

根据23个等位基因不同外显子(EN)的核苷酸(NT)替换及同义密码子使用谱(SCU)偏移研究了哺乳类7种动物MHC DQA座位的系谱发育关系。发现:(1)在大时间尺度内,MHC DQA基因进化速率(1.0×10~(-9),其中EN2为1.3×10~(-9)9NT/位点/年)与一般核基因相似;鼠类DQA基因的NT替换速率大致是其他哺乳类的2倍;(2)证实DQA等位基因多态性是在哺乳动物分化以后才逐渐形成的;推测牛类也存在与绵羊DQA2即OLA-DQA(c17-2)对等的具有最近共同祖先的DQA2基因座位有待发现;HLA-DQA2系谱与HLA-DQA1祖先的分化年代在20～12Mya(百万年前),HLA-DQA1各等位基因分化时间在24Mya至1Mya以内,因此产生HLA-DQA2座位的基因重组发生在HLA-DQA1产生少数几个等位基因之后;(3)基于SCU分化度的进化树从一个新的角度体现了DQA基因的系统发育关系,并显示HLA-DQA2具有特殊的SCU,提示在DQA基因的进化中产生了SCU的分化,SCU系统树在进化上有重要价值和特殊意义。改进了基因的SCU分化度和SCU相似系数的估算方法。