| miRNA与其靶mRNA的相互作用：绑定位点的质量与数量特征的整合计算分析 |
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| 引用本文： | 付聪,林魁. miRNA与其靶mRNA的相互作用：绑定位点的质量与数量特征的整合计算分析[J]. 生物化学与生物物理进展, 2009, 36(5): 608-615. DOI: 10.3724/SP.J.1206.2008.00524 |
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| 作者姓名： | 付聪 林魁 |
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| 作者单位： | 北京师范大学生命科学学院,北京,100875 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(30571037, 30770445). |
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| 摘 要： | miRNAs通过完全或不完全的碱基互补绑定到信使RNA(mRNA)上，通过抑制翻译或者直接导致mRNA降解的方式来调节靶基因的表达．为了研究miRNAs在转录水平上面的调控作用，两种人类基因组中组织特异的miRNAs(miR-1和miR-124)被转染到HeLa细胞中，微阵列(microarray)分析转染前后细胞中各基因mRNA表达水平变化情况的结果表明：动物基因组中靶基因与miRNAs不完全的碱基互补也会导致mRNA的直接降解．通过分析实验得到的mRNA表达水平变化数据，发现这相同miRNA的不同靶基因mRNA表达水平的下调倍数有着明显的差别，推测这些靶基因mRNA序列本身存在某些影响其受调节程度的因素．为此，提取和分析这些靶基因mRNA的序列特征，通过对这些序列特征与mRNA表达水平下调数据进行统计相关分析，最终发现，miRNA靶基因受调节的程度与以下几个因素相关联：mRNA序列中miRNA靶位点的个数，靶位点与miRNA序列碱基互补的程度，以及绑定后形成二级结构的稳定程度(即最低自由能的大小)．在此基础上，初步建立起一个多因子作用下的miRNA 靶基因mRNA表达水平下调程度模型，分析表明：该模型在一定程度上可以反映了部分序列特征对于miRNA靶基因mRNA表达水平下调程度的影响．
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| 关 键 词： | 靶位点 靶mRNA 下调 |
| 收稿时间： | 2008-07-23 |
| 修稿时间： | 2008-12-09 |
Computational Analysis of miRNA and Target mRNA Interactions: Combined Effects of The Quantity and Quality of Their Binding Sites |
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| FU Cong and LIN Kui. Computational Analysis of miRNA and Target mRNA Interactions: Combined Effects of The Quantity and Quality of Their Binding Sites[J]. Progress In Biochemistry and Biophysics, 2009, 36(5): 608-615. DOI: 10.3724/SP.J.1206.2008.00524 |
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| Authors: | FU Cong and LIN Kui |
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| Affiliation: | College of Life Sciences, Beijing Normal University, Beijing 100875, China;College of Life Sciences, Beijing Normal University, Beijing 100875, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | microRNA microRNA binding sites target mRNA downregulation |
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