| 烟草脉斑驳病毒侵染本氏烟的转录组研究 |
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| 引用本文： | 张荠丹,孙振琪,岳建英,王海娟,赵倩倩,杨向东,赵明敏.烟草脉斑驳病毒侵染本氏烟的转录组研究[J].激光生物学报,2023(6):525-536. |
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| 作者姓名： | 张荠丹 孙振琪 岳建英 王海娟 赵倩倩 杨向东 赵明敏 |
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| 作者单位： | 1. 内蒙古农业大学园艺与植物保护学院;2. 吉林省农业科学院农产品加工研究所;3. 吉林省农业科学院吉林省农业生物技术重点实验室;4. 内蒙古农业大学生物农药创制与资源利用内蒙古自治区高等学校重点实验室 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（31860489）； |
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| 摘 要： | 为了研究烟草脉斑驳病毒（TVMV）侵染本氏烟的抗病分子机制，本文建立了TVMV转录组数据库，挖掘抗病相关基因以及代谢和信号通路，采用Illumina Novaseq 6000高通量测序平台对侵染TVMV的本氏烟进行转录组测序，并进行生物信息学分析；利用R package:edge R等软件分析了有关抗病的差异表达基因，对差异表达基因进行基因本体论（GO）及京都基因和基因组百科全书（KEGG）基于途径的通路富集分析。基于TVMV侵染本氏烟转录组的测序结果中共获得4 593个差异表达基因，其中3 564个基因上调表达，1 029个基因下调表达。共筛选出10个抗病相关的差异表达显著基因，6个上调，4个下调。GO数据库中注释到生物学过程、细胞组分及分子功能等三大类共50个功能组。其中，在第三大类分子功能中，蛋白质结合功能以及ATP结合功能所涉及的差异表达基因最显著，分别为501个和453个差异基因。KEGG共富集20条通路，注释到核糖体途径的差异基因富集程度最高，基因最显著，差异表达基因数为307个。蛋白质结合、ATP结合、核糖体、真核生物核糖体的生物反应、DNA复制（DNA replicat...
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| 关 键 词： | 烟草脉斑驳病毒 转录组 KEGG通路 本氏烟 生物信息学分析 |
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