|
|||||
|
|
| k-gram方法识别microRNA前体 | |
| 引用本文： | 杨良怀,吕丕明,陈立军,邓明华.k-gram方法识别microRNA前体[J].生物化学与生物物理进展,2007,34(2). |
| 作者姓名： | 杨良怀 吕丕明 陈立军 邓明华 |
| 作者单位： | 1. 浙江工业大学信息工程学院,杭州,310032;北京大学信息科学与技术学院,北京,100871 2. 中国科学院研究生院,北京,100049 3. 北京大学信息科学与技术学院,北京,100871 4. 北京大学数学科学学院,北京,100871;北京大学理论生物中心,北京,100871 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金;国家重点基础研究发展计划(973计划) |
| 摘 要： | MicroRNAs(miRNAs)是动植物中较短的参与调控基因表达的功能性非编码RNA序列.第一个miRNA是通过实验手段发现的,然而通过实验手段识别miRNA在技术上仍然具有很大的挑战性和不完整性.因此,miRNA基因识别需要寻求计算方法来弥补实验方法的不足.提出了一个全新的miRNA前体的识别方法.在构造识别模型中,把初级序列和序列二级结构相结合,采用k-gram方法把序列信息映射到高维特征空间中,然后通过特征选取方法提取特征,并用这些特征为miRNA前体的识别构造了基于SVM的识别模型.同时,采用隐马尔可夫模型(HMM)的学习方法进行了比较.实验结果表明,该方法是有效的,可以达到较高的敏感性和特异性. |
| 关 键 词： | 基因识别 支持向量机 隐马尔可夫模型 microRNA前体 |
A k-gram Approach for Identifying MicroRNA Precursors |
|
| YANG Liang-Huai,L Pi-ming,CHEN Li-Jun,DENG Ming-Hua.A k-gram Approach for Identifying MicroRNA Precursors[J].Progress In Biochemistry and Biophysics,2007,34(2). | |
| Authors: | YANG Liang-Huai L Pi-ming CHEN Li-Jun DENG Ming-Hua |
| Institution: | YANG Liang-Huai,L(U) Pi-ming,CHEN Li-Jun,DENG Ming-Hua |
| Abstract: | |
| Keywords: | microRNA |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ | |
| 点击此处可从《生物化学与生物物理进展》浏览原始摘要信息 | |
| 点击此处可从《生物化学与生物物理进展》下载免费的PDF全文 | |