| 构建适用于蛋白质家族分类的相似性网络 |
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| 引用本文： | 时逢宽,李炜疆. 构建适用于蛋白质家族分类的相似性网络[J]. 工业微生物, 2015, 0(3) |
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| 作者姓名： | 时逢宽 李炜疆 |
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| 作者单位： | 江南大学工业生物技术教育部重点实验室，无锡214122; 江南大学生物工程学院，无锡214122 |
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| 摘 要： | 图聚类用于蛋白质分类问题可以获得较好结果,其前提是将蛋白质之间复杂的相互关系转化为适当的相似性网络作为图聚类分类的输入数据。本文提出一种基于BLAST检索的相似性网络构建方法,从目标蛋白质序列出发,通过若干轮次的BLAST检索逐步从数据库中提取与目标蛋白质直接或间接相关的序列,构成关联集。关联集中序列之间的相似性关系即相似性网络,可作为图聚类算法的分类依据。对Pfam数据库中依直接相似关系难以正确分类的蛋白质的计算表明,按本文方法构建的相似性网络取得了比较满意的结果。
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| 关 键 词： | 相似性网络 图聚类 蛋白质家族分类 |
Construction of similarity networks appropriate for protein family classification |
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| SHI Feng-kuan,LI Wei-jiang. Construction of similarity networks appropriate for protein family classification[J]. Industrial Microbiology, 2015, 0(3) |
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| Authors: | SHI Feng-kuan LI Wei-jiang |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | similarity networks graph clustering protein family classification |
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